Bản luận tội nêu rõ, trong vụ án này, có 21/54 bị cáo bị truy tố về tội "Nhận hối lộ" xảy ra tại một số bộ, ngành, địa phương. Quá trình điều tra, truy tố và phần thẩm vấn công khai tại phiên tòa xác định, các bị cáo đã có hành vi nhận tiền của đại diện các doanh nghiệp để đề xuất, trình duyệt, duyệt phát hành công văn để cấp phép các chuyến bay đưa công dân về nước.
Trong phần thẩm vấn tại phiên tòa, một số bị cáo cho rằng, hành vi nhận tiền của mình là do các doanh nghiệp cảm ơn sau khi thực hiện thành công các chuyến bay giải cứu. Viện Kiểm sát xác định đây là việc đánh tráo khái niệm cực kỳ nguy hiểm, có thể gây ra tiền lệ xấu cho xã hội; do vậy cần phải nhận thức cho đúng để loại bỏ văn hóa “phong bì” ra khỏi đời sống xã hội.
Đại diện Viện Kiểm sát khẳng định, hành vi nhận tiền của các bị cáo trong vụ án này là hành vi nhận hối lộ. Các bị cáo đang làm công việc thuộc chức trách nhiệm vụ của mình nên không thể coi là cảm ơn khi số tiền là bằng cả một gia tài mà nhiều người mơ ước, không thể coi là cảm ơn khi người đưa buộc phải đưa tiền. Đặc biệt là các bị cáo nhận một số tiền đặc biệt lớn cho cá nhân mình trong bối cảnh người dân và doanh nghiệp cả nước chắt chiu quyên góp cho Quỹ vaccine, cho công tác cứu trợ nhằm phòng, chống dịch.
Công tố viên nhấn mạnh, thủ đoạn phạm tội nhận hối lộ của các bị cáo được thể hiện dưới 2 hình thức chính, gồm: Đưa ra yêu cầu, thỏa thuận, mặc cả về giá buộc các doanh nghiệp phải đưa tiền; gây khó khăn trong việc thẩm định, đề xuất, duyệt cấp phép các chuyến bay dẫn đến các doanh nghiệp chi tiền theo “Luật bất thành văn” thì mới được cấp phép thực hiện chuyến bay.
Riêng bị cáo Phạm Trung Kiên (cựu Thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế) bị đại diện Viện Kiểm sát đánh giá là đã lợi dụng chức vụ quyền hạn được giao để gây khó khăn cho đại diện các doanh nghiệp tham gia chuyến bay combo và các doanh nghiệp xin cho công nhân, người lao động về nước phải chi cho Kiên theo mức tiền mà Kiên yêu cầu để được Bộ Y tế đồng ý xét duyệt các chuyến bay theo đề nghị của Bộ Ngoại giao. Kiên bị đánh giá là đã nhận hối lộ với số lần nhiều nhất, tổng số tiền nhiều nhất và thủ đoạn cũng trắng trợn nhất trong số các bị cáo với 253 lần nhận hối lộ, tổng số hơn 42,6 tỷ đồng.
Khi vụ án bị khởi tố, để che giấu hành vi phạm tội của mình, bị cáo Kiên đã chuyển khoản trả lại cho các doanh nghiệp và cá nhân đưa hối lộ số tiền hơn 12 tỷ đồng. Đồng thời, bị cáo nhờ các doanh nghiệp khai báo với cơ quan chức năng số tiền chuyển cho bị cáo là tiền vay mượn cá nhân. Do vậy, đại diện Viện Kiểm sát cho rằng cần thiết phải áp dụng mức hình phạt nghiêm khắc cho bị cáo Phạm Trung Kiên.
Trong vụ án này, 4 bị cáo bị Viện Kiểm sát truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" đều nguyên là cán bộ Đại sứ quán Việt Nam tại Malaysia gồm: Trần Việt Thái (cựu Đại sứ), Nguyễn Lê Ngọc Anh, Nguyễn Hoàng Linh, Đặng Minh Phương.
Đại diện Viện Kiểm sát xác định, từ tháng 5/2021 đến tháng 1/2022, Đại sứ quán Việt Nam tại Malaysia đã tổ chức được 8 chuyến bay đưa 1.891 người mãn hạn tù ở 19 trại chờ của Malaysia về nước.
Trong quá trình tổ chức thực hiện 8 chuyến bay đưa người mãn hạn tù về nước, với vai trò là Đại sứ đặc mệnh toàn quyền Việt Nam tại Malaysia, Trần Việt Thái đã có hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn chỉ đạo Nguyễn Lê Ngọc Anh, Nguyễn Hoàng Linh, Đặng Minh Phương thu, chi, sử dụng tiền của công dân trái quy định pháp luật, thu tiền cao hơn chi phí thực tế, gây hậu quả thiệt hại hơn 10 tỷ đồng. Trong đó, Trần Việt Thái hưởng lợi cá nhân 580 triệu đồng, Nguyễn Lê Ngọc Anh, Nguyễn Hoàng Linh mỗi người hưởng lợi cá nhân 480 triệu đồng. Còn bị cáo Đặng Minh Phương do hết nhiệm kỳ chỉ tham gia 4 chuyến bay nên liên đới gây thiệt hại hơn 5,7 tỷ đồng, hưởng lợi 220 triệu đồng.
