Theo phương án phân luồng, các phương tiện xe ô tô từ phía đường Cổ Linh vào nút giao đi thành phố Hải Phòng thì qua gầm cầu vượt trên đường vành đai 3 đi thẳng. Nếu đi tỉnh Bắc Ninh thì qua gầm cầu vượt trên đường vành đai 3, rẽ phải lên nhánh rẽ trên đường vành đai 3 và đi thẳng.
Nếu đi cầu Thanh Trì thì rẽ phải vào đường nhánh trước cầu vượt lên vành đai 3. Đi đường Đông Dư – Dương Xá (khu vực đô thị Vinhomes Ocean Park) thì đi thẳng qua gầm cầu vượt trên đường vành đai 3, sau đó đi thẳng đến đường gom cao tốc Hà Nội – Hải Phòng; đi Ecopark thì rẽ phải theo đường gom bên phải của nút giao để đi ra nút Ecopark gầm cầu Thanh Trì.
Các phương tiện xe ô tô từ thành phố Hải Phòng đi vào khu vực nút giao hướng đi đường Cổ Linh thì đi qua gầm cầu vượt trên đường vành đai 3 và đi thẳng; đi Bắc Ninh thì rẽ phải lên nhánh rẽ trên đường vành đai 3 và đi thẳng; đi cầu Thanh Trì thì rẽ vào đường nhánh đi cầu vượt để đi vào đường vành đai 3 phía cầu Thanh Trì.
Các phương tiện xe ô tô từ quốc lộ 5 (tỉnh Bắc Ninh) đi vào nút, nếu đi đường Cổ Linh thì rẽ phải trên đường vành đai 3 xuống đường Cổ Linh; đi thành phố Hải Phòng thì rẽ trái vào đường nhánh bằng cầu vượt và nhập vào đường song hành sau đó đi vào cao tốc bằng nhánh kết nối; đi cầu Thanh Trì thì đi thẳng trên cầu đường vành đai 3 đi về cầu Thanh Trì,
Các phương tiện xe ô tô từ cầu Thanh Trì đi vào nút nếu đi quốc lộ 5 (tỉnh Bắc Ninh) thì đi thẳng trên cầu đường vành đai 3 đi về quốc lộ 5; đi Hải Phòng thì rẽ phải vào đường nhánh để đi vào đường song hành sau đó đi vào đường cao tốc; đi Cổ Linh thì đi qua cầu vượt cao tốc trên đường vành đai 3 và đi vào nhánh rẽ trái để xuống đường cao tốc và đi thẳng về Cổ Linh.
Việc tổ chức giao thông cho các phương tiện xe máy, xe thô sơ lưu thông qua khu vực nút giao như sau: cấm toàn bộ các phương tiện xe máy, xe thô sơ lưu thông qua trục chính hầm nối đường Cổ Linh với đường cao tốc Hà Nội – Hải Phòng và các đường nhánh của dự án.
Các phương tiện xe máy đi trên đường vành đai 3 trên cao được phép lưu thông bình thường. Các phương tiện xe máy, xe thô sơ chỉ được phép lưu thông trên các tuyến đường gom xung quanh khu vực nút thông qua hệ thống hầm chui của dự án như hầm chui tại Km9+900 (vành đai 3), hầm chui gầm cầu Gia Lâm tại Km 10+900 (vành đai 3) và hầm chui gầm cầu Km1+300 (cao tốc Hà Nội - Hải Phòng).
Trên các tuyến đường gom xung quanh khu vực nút giao, tổ chức giao thông 1 chiều cho tất cả các phương tiện lưu thông trên tuyến đường gom xung quanh nút giao theo đúng thiết kế tổng thể của dự án. Tổ chức giao thông 2 chiều cho tất cả các phương tiện lưu thông trên tuyến đường gom nối từ đường Cổ Linh đến nút giao đường 379 (đường đi Ecopark), đoạn từ nút giao đường 379 đến ram kết nối dành cho các phương tiện xe ô tô lên đường vành đai 3 đi cầu Thanh Trì.
Các đơn vị chức năng khẩn trương hoàn thiện các thủ tục liên quan đến công tác bàn giao, hoàn thiện hệ thống hạ tầng, phục vụ hướng dẫn điều hành giao thông; bố trí lực lượng chức năng tổ chức chốt trực, hướng dẫn điều tiết giao thông trên tuyến đường kết nối khu vực nút giao, ram lên xuống, đường gom 2 bên đường, điểm quay đầu xe trên tuyến…
