Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố các bị can: Trương Thanh Phong (cựu Tổng Giám đốc Vinafood II), Trần Văn Vẹn (cựu Chủ tịch Hội đồng Quản trị Vinafood II), Trần Bảy (cựu Trưởng phòng Kế hoạch Vinafood II, cựu Chủ tịch Hội đồng Quản trị Công ty Vĩnh Hội), Vũ Bá Vinh (cựu ủy viên Hội đồng Quản trị kiêm Trưởng Ban kiểm soát Vinafood II), Trương Văn Húa và Trương Văn Ảnh (cùng là cựu ủy viên Hội đồng Quản trị Vinafood II) bị truy tố về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí".
Theo cáo trạng, Vinafood II là doanh nghiệp Nhà nước 100% vốn, được giao quản lý khu đất 132 Bến Vân Đồn theo chủ trương sắp xếp lại nhà, đất thuộc sở hữu Nhà nước theo Quyết định số 80/2001 của Thủ tướng Chính phủ. Vinafood II báo cáo, đề nghị và được UBND Thành phố Hồ Chí Minh, Bộ Tài chính chấp thuận cho chuyển đổi mục đích sử dụng khu đất 132 Bến Vân Đồn và làm chủ đầu tư Dự án xây dựng Chung cư cao tầng kết hợp Trung tâm thương mại - dịch vụ và Cao ốc văn phòng cho thuê.
Quá trình thực hiện, khi chưa được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, các thành viên Hội đồng Quản trị Vinafood II (thời điểm 2007) gồm: Trần Văn Vẹn, Trương Thanh Phong, Vũ Bá Vinh và Trương Văn Húa đã thống nhất góp vốn thành lập Công ty Vĩnh Hội nhằm triển khai dự án. Tuy nhiên, Vinafood II chỉ đứng tên để làm thủ tục xin giao đất theo hình thức chỉ định, sau đó chuyển nhượng quyền sử dụng đất cho Công ty Vĩnh Hội với mức giá tương đương tiền sử dụng đất phải nộp, đổi lại Vinafood II nhận 10% vốn điều lệ của Công ty Vĩnh Hội.
Từ thỏa thuận này, năm 2010 khi Vinafood II được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, Vinafood II không hạch toán tăng tài sản, không lập hồ sơ tài sản cố định, nhóm ông Phong và người đại diện phần vốn của Vinafood II tại Công ty Vĩnh Hội đã hoàn thiện các thủ tục để chuyển nhượng quyền sử dụng đất khu đất cho Công ty Vĩnh Hội.
Năm 2010, sau khi được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, Vinafood II không thực hiện hạch toán tăng tài sản cũng như không lập hồ sơ tài sản cố định. Đến năm 2011, Hội đồng Quản trị Vinafood II thời điểm đó đã hoàn tất việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất cho Công ty Vĩnh Hội thông qua hợp đồng góp vốn bằng quyền sử dụng đất, với mức giá tương đương số tiền Vinafood II đã nộp vào ngân sách năm 2007 và 2009.
Theo cáo trạng, hành vi của các bị can đã không thẩm định, đánh giá lại tài sản là trái quy định về ban hành Quy chế quản lý tài chính của Công ty nhà nước và quản lý vốn nhà nước đầu tư vào doanh nghiệp khác. Hành vi của các bị can đã gây thất thoát tổng cộng 113,7 tỷ đồng. Tại thời điểm ký và thực hiện Hợp đồng góp vốn bằng quyền sử dụng đất, Vinafood II đang còn nắm giữ 1,5 triệu cổ phần tại Công ty Vĩnh Hội; sau đó đã thực hiện thoái vốn bán đi số cổ phần này, thu lại 45 tỷ đồng. Như vậy, thiệt hại thực tế đối với tài sản Nhà nước là 68 tỷ đồng.
Cáo trạng xác định Trương Thanh Phong, với vai trò Tổng giám đốc, người đại diện pháp luật của Vinafood II, đã không thực hiện đúng các quy định về sắp xếp, xử lý tài sản Nhà nước, đồng thời có hành vi cố ý làm trái phương án được Bộ Tài chính phê duyệt. Trương Thanh Phong cùng các bị can khác không tiến hành lập hồ sơ tài sản, không ghi nhận tài sản vào sổ sách kế toán, trực tiếp ký văn bản đề xuất Hội đồng quản trị chấp thuận việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất cho Công ty Vĩnh Hội mà không qua thẩm định giá, không đánh giá lại tài sản. Với vai trò là người chỉ đạo xuyên suốt quá trình từ góp vốn thành lập Công ty Vĩnh Hội cho đến việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất trái quy định, Trương Thanh Phong bị xác định là người chịu trách nhiệm chính trong vụ án. Các bị can còn lại được xác định phạm tội với vai trò đồng phạm, giúp sức.
