Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố 6 bị can về tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng", trong đó có: Nguyễn Đăng Thuyết - Tổng Giám đốc Công ty Thành An Hà Nội (đang bỏ trốn); Nguyễn Thị Hòa - Giám sát kế toán của 3 doanh nghiệp nói trên (đang bỏ trốn). Ngoài ra, có 32 người bị truy tố về tội "In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước".
Bị can Nguyễn Đăng Thuyết và Nguyễn Thị Hòa đang bỏ trốn và bị Cơ quan điều tra truy nã, kêu gọi đầu thú để hưởng chính sách khoan hồng của Đảng, Nhà nước, hợp tác điều tra để đảm bảo quyền tự bào chữa theo quy định. Trong trường hợp không ra trình diện hoặc đầu thú, coi như bị can từ bỏ quyền tự bào chữa và sẽ bị điều tra, truy tố và xét xử.
Cáo trạng xác định, các Công ty TNHH Thành An Hà Nội, Công ty trách nhiệm hữu hạn thiết bị y tế Danh, Công ty TNHH thiết bị y tế Tràng Thi đã sử dụng 19.167 số hóa đơn khống để kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng hàng hóa dịch vụ mua vào dẫn đến làm giảm tiền thuế giá trị gia tăng phải nộp, gây thiệt hại cho ngân sách hơn 62 tỷ đồng.
Về thuế thu nhập doanh nghiệp, cáo trạng xác định 3 doanh nghiệp nói trên dùng hóa đơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo), được mua từ các công ty và của các hộ kinh doanh để hạch toán kế toán khi làm báo cáo tài chính, hạch toán chi phí xác định số thuế phải nộp, gây thiệt hại hơn 680 tỷ đồng.
Theo cáo trạng, tổng số tiền ngân sách Nhà nước bị thiệt hại trong vụ án là hơn 742 tỷ đồng (thuế giá trị gia tăng là 62 tỷ đồng; thuế thu nhập doanh nghiệp 680 tỷ đồng).
Bị can Nguyễn Đăng Thuyết được xác định là chủ sở hữu và trực tiếp điều hành Công ty Thành An Hà Nội, Công ty Danh và Công ty Tràng Thi. Bị can này đã trực tiếp chỉ đạo 3 công ty lập hai hệ thống sổ kế toán tài chính theo dõi trên phần mềm FAST với mục đích trốn thuế.
