Sở An toàn thực phẩm được thành lập trên cơ sở tổ chức của Ban Quản lý An toàn thực phẩm TP Hồ Chí Minh, sau thời gian thực hiện thí điểm từ đầu năm 2017.
Sở An toàn thực phẩm là cơ quan chuyên môn trực thuộc UBND TP Hồ Chí Minh, có chức năng tham mưu, giúp UBND TP Hồ Chí Minh quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm, thanh tra kiểm tra, xử lý vi phạm hành chính về an toàn thực phẩm, cấp giấy chứng nhận kiểm dịch sản phẩm động vật ra khỏi địa bàn thành phố từ Sở Y tế, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Công thương.
Về nguồn nhân lực, số lượng người làm việc của Sở An toàn thực TP Hồ Chí Minh được chuyển nguyên trạng từ Ban Quản lý An toàn thực phẩm và được UBND TP Hồ Chí Minh giao biên chế trên cơ sở vị trí việc làm gắn với chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và nằm trong tổng biên chế hành chính, số lượng người làm việc của thành phố.
Cơ cấu lãnh đạo Sở An toàn thực phẩm gồm Giám đốc và không quá 3 Phó Giám đốc. Trong đó, Giám đốc Sở An toàn thực phẩm là Ủy viên UBND TP Hồ Chí Minh, do HĐND thành phố bầu ra.
Tại kỳ họp, Phó Chủ tịch UBND TP Hồ Chí Minh Bùi Xuân Cường cho rằng, mô hình thí điểm Ban Quản lý An toàn thực phẩm TP Hồ Chí Minh kết hợp lực lượng từ 3 Sở (Y tế, Công Thương, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn) là một bước đột phá trong tiến trình phát triển bền vững và đảm bảo an sinh xã hội, lấy mục tiêu bảo vệ sức khỏe người dân làm kim chỉ nam cho hành động; hoàn toàn phù hợp với chính sách của TP Hồ Chí Minh và tình hình thực tiễn của địa phương.
Thông qua kết quả đạt được sau quá trình thí điểm mô hình Ban Quản lý An toàn thực phẩm (từ năm 2017 đến nay), UBND TP Hồ Chí Minh nhận thấy đây là giai đoạn chín mùi để phát huy hiệu quả cao nhất trong công tác đảm bảo an toàn thực phẩm trong tình hình mới, bảo vệ và nâng cao sức khỏe cho người dân sống và làm việc tại TP Hồ Chí Minh, tạo bước chuyển biến tích cực trong nhận thức cộng đồng.
Việc xây dựng một cơ quan chuyên môn nhằm quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm nhằm ngăn chặn, giải quyết dứt điểm, căn cơ tình trạng không đảm bảo an toàn thực phẩm trên địa bàn thành phố, khắc phục các bất cập, tồn tại, rào cản trong hoạt động phối hợp liên ngành là hết sức cần thiết.
