Theo Quyết định số 24/2019/QĐ-TTg, Tổng cục Thủy lợi có thêm 1 cơ quan trực thuộc đó là Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn. Như vậy, Tổng cục Thủy lợi có 10 cơ quan trực thuộc thay vì 9 cơ quan như quy định tại Quyết định số 25/2017/QĐ-TTg.
10 cơ quan trực thuộc Tổng cục Thủy lợi gồm: Vụ Kế hoạch Tài chính; Vụ Khoa học công nghệ và Hợp tác quốc tế; Vụ Pháp chế, Thanh tra; Vụ Xây dựng cơ bản; Vụ Nguồn nước và nước sạch nông thôn; Vụ An toàn đập; Văn phòng Tổng cục; Cục Quản lý công trình thủy lợi; Trung tâm Chính sách và kỹ thuật thủy lợi; Trung tâm Quốc gia Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn.
Tổng cục Thủy lợi là tổ chức thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật về thủy lợi và nước sạch nông thôn trong phạm vi cả nước; tổ chức thực hiện các hoạt động dịch vụ công thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Tổng cục theo quy định của pháp luật.
