Theo hồ sơ, ngày 11/4, chính quyền Trump gửi thư yêu cầu Harvard loại bỏ tình trạng bài Do Thái trong khuôn viên và chấm dứt các chương trình đa dạng hóa vốn ưu tiên cho một số nhóm thiểu số. Sau khi Harvard bác bỏ, ngày 14/4, chính quyền tuyên bố “đóng băng” 2,2 tỷ USD trong các khoản tài trợ nghiên cứu nhiều năm và 60 triệu USD từ hợp đồng liên bang, buộc trường phải áp dụng chính sách ngừng tuyển dụng, đồng thời tạm dừng hàng loạt chương trình nghiên cứu lớn trong y tế công cộng và y khoa. Các chuyên gia khi đó cảnh báo việc trì hoãn này có thể tác động trực tiếp đến sức khỏe, thậm chí là tính mạng người dân Mỹ.
Trong phán quyết, Thẩm phán Allison Burroughs, Tòa án Liên bang khu vực Massachusetts, khẳng định các quyết định đóng băng và chấm dứt tài trợ nói trên vi phạm Tu chính án thứ nhất, Đạo luật thủ tục hành chính và Điều VI của Đạo luật Dân quyền năm 1964. Bà thừa nhận Harvard từng tồn tại vấn đề bài Do Thái và “đáng lẽ phải xử lý tốt hơn”, song nhấn mạnh các biện pháp của chính quyền Tổng thống Trump “không có mối liên hệ thực tế nào” với việc chống bài Do Thái.
Bà Burroughs cũng lưu ý rằng Harvard hiện đã bắt đầu, dù muộn màng, thực hiện các bước để khắc phục tình trạng bài Do Thái và sẵn sàng làm nhiều hơn nếu cần thiết. Tuy nhiên, bà khẳng định trách nhiệm của tòa án là bảo đảm quyền tự do học thuật và nghiên cứu không bị chấm dứt một cách tùy tiện. Phán quyết đồng thời tuyên bố toàn bộ các quyết định đóng băng và chấm dứt tài trợ áp dụng với Harvard kể từ ngày 14/4/2025 đều bị vô hiệu.
Harvard và Hiệp hội Giảng viên Đại học Mỹ (AAUP) đã cùng khởi kiện, phản đối các biện pháp cắt giảm của chính quyền Tổng thống Trump. Về phía mình, ông Trump tìm cách chuyển vụ việc sang Tòa án Khiếu nại Liên bang, thay vì để xét xử tại Boston - nơi chỉ cách cơ sở Harvard ở Cambridge vài km.
Harvard từ lâu là tâm điểm trong chiến dịch của ông Trump nhằm vào các trường đại học tinh hoa, vốn bị ông và các đồng minh cáo buộc là “thành trì tự do cấp tiến”, thiếu đa dạng quan điểm và dung túng các cuộc biểu tình phản đối chiến dịch quân sự của Israel tại Gaza. Chính quyền cũng từng siết chặt quy định về sinh viên quốc tế - nhóm chiếm tới 27% tổng số sinh viên Harvard niên khóa 2024-2025 và gây ảnh hưởng đáng kể đến nguồn thu của trường.
