Kết luận buổi làm việc, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc khẳng định chủ trương “quyền lực nào cũng phải được kiểm soát”, cũng như tinh thần công khai, minh bạch thực hiện đúng pháp luật của Chính phủ. Thủ tướng nhận xét, trong những năm gần đây, sự phối hợp giữa Chính phủ và Kiểm toán Nhà nước chặt chẽ, nhịp nhàng. Hai bên đã phối hợp xử lý hiệu quả các kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước, nhất là trong việc sửa đổi và loại bỏ những thể chế, chính sách, pháp luật lạc hậu cũng như ngăn chặn, xử lý, thu hồi tài sản, ngân sách nhà nước bị thất thoát.
Thủ tướng đề nghị Kiểm toán Nhà nước nghiên cứu, đưa ra danh mục những văn bản quy phạm pháp luật trong lĩnh vực liên quan đã lạc hậu; đồng thời giao Bộ Tư pháp tiến hành rà soát để báo cáo Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các bộ, ngành sửa đổi hoặc hủy bỏ, tránh gây thiệt hại cho Nhà nước.
Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đề nghị Thanh tra Chính phủ và Kiểm toán Nhà nước cần phối hợp chặt chẽ hơn nữa, không để tái diễn tình trạng chồng chéo trong hoạt động thanh tra, kiểm toán ở các đơn vị và địa phương. Kiểm toán Nhà nước tích cực đấu tranh phòng chống tham nhũng, tiêu cực trong quá trình kiểm toán, cùng với đó, rút ngắn thời gian kiểm toán và ban hành kết luận kiểm toán. Các kết luận kiểm toán cần có lý, có tình, phù hợp với đặc điểm của từng thời kỳ.
Thủ tướng cũng đề nghị Kiểm toán Nhà nước tăng cường kiểm toán hiệu quả hoạt động. Đối với những công trình lớn, phức tạp thì cần sớm lập kế hoạch kiểm toán để kịp thời chấn chỉnh những sai phạm, tránh trường hợp “để xảy ra sai phạm hay công trình hoàn thành rồi mới tiến hành kiểm toán”.
Thủ tướng tin tưởng cùng với quá trình xây dựng và hoàn thiện nhà nước pháp quyền ở Việt Nam, Kiểm toán Nhà nước sẽ ngày càng vững mạnh, hiệu quả, xứng đáng với niềm tin của Đảng, Nhà nước và nhân dân.