Để khắc phục những tồn tại, hạn chế trong công tác thanh tra, kiểm tra đối với doanh nghiệp; giải quyết việc chồng chéo, trùng lắp trong hoạt động thanh tra, kiểm toán; tiếp tục thực hiện nghiêm chỉnh Nghị quyết số 35/NQ-CP ngày 16/5/2016 của Chính phủ về hỗ trợ và phát triển doanh nghiệp đến năm 2020; Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc giao Thanh tra Chính phủ chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành, địa phương có liên quan khẩn trương nghiên cứu, xây dựng dự thảo Chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ về chấn chỉnh công tác thanh tra, kiểm tra doanh nghiệp để kịp thời giải quyết các phản ánh, kiến nghị của doanh nghiệp về việc vẫn còn có quá nhiều cuộc thanh tra, kiểm tra trong cùng một năm; tạo điều kiện hỗ trợ, phát triển và bảo vệ quyền lợi chính đáng của doanh nghiệp; báo cáo lên Thủ tướng Chính phủ trước ngày 17/5/2017.
Thủ tướng Chính phủ giao Thanh tra Chính phủ chủ trì, phối hợp với Bộ Tư pháp, Kiểm toán Nhà nước rà soát để sửa đổi hoặc kiến nghị sửa đổi các quy định trong hệ thống văn bản quy phạm pháp luật về thanh tra, kiểm toán; không để xảy ra sự chồng chéo, trùng lắp trong hoạt động thanh tra, kiểm toán gây phiền hà, khó khăn cho hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp; báo cáo kết quả lên Thủ tướng Chính phủ trong quý II/2017.