Hội đồng quản lý bệnh viện (Hội đồng quản lý) gồm 11 thành viên. Bộ trưởng Bộ Y tế chỉ định thành viên Hội đồng quản lý, Chủ tịch Hội đồng quản lý. Hội đồng quản lý là cơ quan quản lý cao nhất của Bệnh viện cho tới khi Bộ trưởng Bộ Y tế phê chuẩn thành viên Hội đồng quản lý theo quy định.
Trong thời hạn 6 tháng, Hội đồng quản lý quyết nghị trình Bộ trưởng Bộ Y tế phê chuẩn: Quy chế hoạt động của Hội đồng quản lý, thành viên Hội đồng quản lý, Giám đốc, Phó Giám đốc Bệnh viện.
Hội đồng quản lý có các chức năng, nhiệm vụ quy định tại Nghị quyết số 33 và quy định tại Quy chế hoạt động của Hội đồng quản lý.
Ban Kiểm soát có 7 thành viên. Tiêu chuẩn; thành phần; quy trình bầu, phê chuẩn Trưởng ban và thành viên Ban kiểm soát; cách thức hoạt động của Ban kiểm soát; phê duyệt quy chế hoạt động của Ban kiểm soát được thực hiện theo quy định tại Nghị quyết số 33. Quyền và nghĩa vụ của Ban Kiểm soát thực hiện theo quy định của Luật Doanh nghiệp năm 2014 và Quy chế hoạt động của Bệnh viện, Ban Kiểm soát Bệnh viện.
Về tổ chức và bộ máy lãnh đạo của Bệnh viện Bạch Mai, Quyết định nêu rõ: Bệnh viện Bạch Mai có các bệnh viện thành viên như quy định tại Nghị quyết 33, bao gồm Bệnh viện Bạch Mai tại thành phố Hà Nội, Bệnh viện Bạch Mai tại thành phố Phủ Lý, tỉnh Hà Nam. Bộ máy lãnh đạo của Bệnh viện Bạch Mai gồm: Hội đồng quản lý và Ban Giám đốc. Ban Giám đốc Bệnh viện gồm Giám đốc và Phó Giám đốc.
Bệnh viện thực hiện cơ chế tự chủ tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập theo quy định của pháp luật về đơn vị sự nghiệp công và Nghị quyết số 33; phân phối kết quả tài chính trong năm đảm bảo công khai, minh bạch, tăng tỷ lệ trích Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp và Quỹ hỗ trợ người bệnh.
Bệnh viện được Nhà nước tiếp tục bố trí vốn để hoàn thành các dự án đầu tư công thuộc kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016 - 2020.
