Theo ông Nguyễn Văn Quyết, Phó Giám đốc Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Ninh Bình, sau hợp nhất, Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Ninh Bình có 9 phòng, 7 chi cục và 13 đơn vị sự nghiệp công lập. Tuy nhiên, hiện nay Bộ Nông nghiệp và Môi trường chưa có hướng dẫn quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường, do đó, địa phương gặp khó khăn trong công tác thẩm định, ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ của các đơn vị; một số nhiệm vụ chuyên sâu được phân quyền, phân cấp từ Trung ương về cho cấp tỉnh chưa có đội ngũ cán bộ chuyên sâu, chưa được trang bị máy móc, trang thiết bị để thực hiện nhiệm vụ.
Sau khi tổ chức mô hình chính quyền địa phương 2 cấp, cấp xã được phân định nhiều thẩm quyền, nhiều thủ tục hành chính từ cấp huyện nhưng đội ngũ cán bộ chuyên môn cấp xã còn thiếu, yếu kỹ năng nên việc tham mưu, báo cáo, tổng hợp các công việc liên quan đến lĩnh vực nông nghiệp và môi trường gặp nhiều khó khăn. Bên cạnh đó, không có hệ thống cơ sở dữ liệu dùng chung, không có phần mềm theo dõi sản xuất, dịch bệnh, mùa vụ; hạ tầng kỹ thuật số một số địa phương còn thiếu, chất lượng chưa đảm bảo, chưa đồng bộ liên thông, thường xuyên chậm, lỗi, treo dữ liệu nên việc tiếp nhận và xử lý hồ sơ của người dân còn gặp nhiều khó khăn.
Đặc biệt, về quản lý đất đai, hệ thống thông tin giải quyết thủ tục hành chính và hệ thống phần mềm chuyên ngành về quản lý đất đai làm ảnh hưởng tới thời gian xử lý hồ sơ đất đai bị kéo dài; cơ sở dữ liệu đất đai chưa đồng bộ, nhiều nơi vẫn dùng sổ sách thủ công, gây khó khăn trong việc trích xuất dữ liệu chính xác, kịp thời. Các quy trình điện tử lĩnh vực đất đai hiện tại mới chỉ được cấu hình trong phạm vi nội bộ của Sở Nông nghiệp và Môi trường, chưa tích hợp bước phối hợp, trao đổi thông tin điện tử với cơ quan thuế, điều này ảnh hưởng đến tính minh bạch và chính xác trong quy trình xử lý thủ tục hành chính.
Tại buổi làm việc, thành viên đoàn công tác của Bộ Nông nghiệp và Môi trường đã tiếp thu, giải đáp những vướng mắc, điểm nghẽn về sắp xếp tổ chức bộ máy và đơn vị hành chính; thực hiện phân quyền, phân cấp, phân định thẩm quyền; tiếp nhận, giải quyết thủ tục hành chính trong lĩnh vực nông nghiệp và môi trường.
Kết luận buổi làm việc, Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường Hoàng Trung đánh giá cao kết quả bước đầu của tỉnh Ninh Bình trong vận hành chính quyền địa 2 cấp, đặc biệt là lĩnh vực nông nghiệp và môi trường không phát sinh khó khăn, vướng mắc lớn; đồng thời đề nghị tỉnh tiếp tục chỉ đạo ngành nông nghiệp và môi trường cùng các địa phương bám sát chỉ đạo, hướng dẫn của Trung ương triển khai các nhiệm vụ theo phân cấp, phân quyền; rà soát, bố trí cán bộ đúng chuyên môn; khi có phát sinh khó khăn, vướng mắc cần có ý kiến, kiến nghị để được tháo gỡ, giải quyết kịp thời.
Hiện nay, Bộ Nông nghiệp và Môi trường đang chủ trì sửa đổi 17 luật, đề nghị tỉnh Ninh Bình tích cực góp ý hoàn thiện chính sách, phục vụ tốt hơn việc vận hành chính quyền địa phương 2 cấp trong giai đoạn mới.
Thứ trưởng Hoàng Trung cũng đề nghị các đơn vị trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường chủ động phối hợp chặt chẽ với địa phương tháo gỡ khó khăn; sẵn sàng cử cán bộ "biệt phái" về hỗ trợ thực hiện nhiệm vụ nhằm bảo đảm hệ thống vận hành thông suốt, hiệu quả, tạo thuận lợi cho người dân và doanh nghiệp.
