Theo Quyết định, Giáo sư, Tiến sĩ Nguyễn Thanh Long, Quyền Bộ trưởng Bộ Y tế giữ chức vụ kiêm nhiệm Chủ tịch Hội đồng.
Giáo sư, Tiến sĩ Lê Quang Cường, Phó Chủ tịch Hội đồng Giáo sư Nhà nước, nguyên Thứ trưởng Bộ Y tế, Giảng viên cao cấp Trường Đại học Y Hà Nội giữ chức vụ Phó Chủ tịch thường trực Hội đồng hoạt động chuyên trách.
Giáo sư, Tiến sĩ Trần Văn Thuấn, Thứ trưởng Bộ Y tế giữ chức vụ kiêm nhiệm Phó Chủ tịch Hội đồng. Tiến sĩ Phạm Văn Tác, Cục trưởng Cục Khoa học Công nghệ và Đào tạo, Bộ Y tế giữ chức vụ kiêm nhiệm Phó Chủ tịch Hội đồng. Phó Giáo sư, Tiến sĩ Lương Ngọc Khuê, Cục trưởng Cục Quản lý Khám, chữa bệnh, Bộ Y tế, giữ chức vụ kiêm nhiệm Phó Chủ tịch Hội đồng.
Thủ tướng Chính phủ cũng đã ký Quyết định số 956/QĐ-TTg thành lập Hội đồng Y khoa Quốc gia. Theo Quyết định, Hội đồng có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ chuẩn bị các điều kiện cần thiết cho việc tổ chức đánh giá năng lực hành nghề khám, chữa bệnh theo Nghị quyết số 20/NQ-CP ngày 25/10/2017 của Hội nghị lần thứ sáu Ban Chấp hành Trung ương khóa XII về tăng cường công tác bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe nhân dân trong tình hình mới để đáp ứng yêu cầu phát triển, nâng cao chất lượng nhân lực y tế.
Hội đồng có nhiệm vụ xây dựng chuẩn năng lực nghề nghiệp cho các chức danh hành nghề khám bệnh, chữa bệnh để đơn vị chức năng thuộc Bộ Y tế trình Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành; tham gia giám sát, đánh giá việc tuân thủ chuẩn năng lực nghề nghiệp của người hành nghề khám bệnh, chữa bệnh sau khi được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp chứng chỉ hành nghề theo đề nghị của cơ quan quản lý nhà nước về y tế và theo quy định của pháp luật.
Bên cạnh đó, Hội đồng chuẩn bị các điều kiện cần thiết để tổ chức đánh giá năng lực hành nghề khám bệnh, chữa bệnh theo quy định của pháp luật; xây dựng và thử nghiệm Bộ ngân hàng câu hỏi đánh giá năng lực hành nghề; xây dựng tiêu chuẩn của cơ sở tổ chức đánh giá năng lực hành nghề; xây dựng hệ thống thông tin, dữ liệu quốc gia về đánh giá năng lực hành nghề.
