Theo đó, Bệnh viện nhiệt đới tỉnh Hưng Yên có chức năng thực hiện các hoạt động phòng, chống bệnh truyền nhiễm, khám chữa bệnh nhiệt đới và HIV/AIDS trên địa bàn tỉnh; phục hồi chức năng; đào tạo cán bộ y tế; nghiên cứu khoa học về y học; chỉ đạo tuyến về chuyên môn, kỹ thuật; phòng, chống bệnh dịch; tổ chức các hoạt động truyền thông can thiệp và dự phòng lây nhiễm, điều trị các bệnh truyền nhiễm, bệnh nhiệt đới và HIV/AIDS, điều trị nghiện chất theo hướng dẫn; nghiên cứu và tham gia nghiên cứu khoa học.
Cơ cấu của bệnh viện gồm: Phòng Kế hoạch Tài chính và chỉ đạo tuyến; Phòng Tổ chức hành chính; Khoa Khám bệnh (bao gồm cả nhiệm vụ khám bệnh, chữa bệnh ban đầu, điều trị ngoại trú và điều trị nghiện chất); Khoa Hồi sức cấp cứu; Khoa Nội tổng hợp; Khoa Truyền nhiễm (bao gồm bệnh viêm gan, HIV/AIDS và các bệnh truyền nhiễm khác); Khoa Xét nghiệm (bao gồm cả nhiệm vụ chẩn đoán hình ảnh và thăm dò chức năng); Khoa Dược - Chống nhiễm khuẩn (bao gồm cả nhiệm vụ vật tư y tế và dinh dưỡng).
Quy mô giường bệnh của bệnh viện trước mắt là 60 giường, đến năm 2020 là 150 giường. Bệnh viện cũng phối hợp với các cơ sở y tế trên địa bàn để dự phòng, phát hiện, ngăn chặn, hạn chế lây lan, dập tắt dịch bệnh; đồng thời, tổ chức thực hiện chương trình phòng bệnh các bệnh truyền nhiễm, bệnh nhiệt đới và HIV/AIDS; tham gia công tác phòng chống dịch bệnh theo sự phân công của Sở Y tế tỉnh Hưng Yên; chuẩn bị cơ sở để sẵn sàng tiếp nhận, cách ly bệnh nhân, khống chế dịch bệnh và đề xuất với cấp có thẩm quyền dự trữ các nguồn lực để kịp thời chống dịch nếu có dịch xảy ra.
