Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Trương Hòa Bình làm Trưởng ban Chỉ đạo. Ông Đỗ Văn Chiến, Bộ trưởng, Chủ nhiệm Ủy ban Dân tộc làm Phó Trưởng ban Thường trực.
Hai Phó Trưởng ban khác là lãnh đạo Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính. Các thành viên Ban Chỉ đạo là đại diện một số bộ, ngành liên quan.
Ban Chỉ đạo Trung ương có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc liên quan đến quản lý, điều hành và tổ chức thực hiện các giải pháp để đạt được mục tiêu của Đề án tổng thể phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi giai đoạn 2021 – 2030 (Đề án) và Chương trình mục tiêu quốc gia phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi giai đoạn 2021 – 2030 (Chương trình).
Ban Chỉ đạo nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ ban hành cơ chế, chính sách có liên quan để thực hiện hiệu quả Chương trình và các nhiệm vụ, giải pháp khác của Đề án; giúp Thủ tướng Chính phủ điều phối hoạt động giữa các bộ, ban, ngành, cơ quan trung ương và các địa phương trong quá trình tổ chức, triển khai thực hiện Chương trình và các nhiệm vụ, giải pháp khác của Đề án.
Ban Chỉ đạo giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các bộ, ngành cơ quan trung ương và các địa phương trong việc xây dựng, hoàn thiện và hướng dẫn cơ chế, chính sách liên quan đến quản lý, điều hành Chương trình và triển khai thực hiện các nhiệm vụ, giải pháp khác của Đề án; kiểm tra, giám sát, đánh giá, sơ kết, tổng kết, khen thưởng trong quá trình thực hiện.
Trưởng Ban Chỉ đạo Trung ương quy định Quy chế hoạt động của Ban Chỉ đạo Trung ương và phân công nhiệm vụ của các thành viên Ban Chỉ đạo. Văn phòng điều phối Chương trình mục tiêu quốc gia phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi giai đoạn 2021 – 2030 đặt tại Ủy ban Dân tộc, giúp việc Ban Chỉ đạo Trung ương và trực tiếp giúp việc Bộ trưởng, Chủ nhiệm Ủy ban Dân tộc - Phó Trưởng ban Thường trực Ban Chỉ đạo Trung ương để quản lý, tổ chức thực hiện Chương trình và các nhiệm vụ, giải pháp khác của Đề án; sử dụng biên chế của Ủy ban Dân tộc, được bố trí kinh phí hoạt động trong kinh phí thường xuyên của Ủy ban Dân tộc.
