Theo các Quyết định (Quyết định số 2756/QĐ-TTg về việc thành lập Ủy ban lưu vực sông khu vực Bắc Bộ, 2758/QĐ-TTg về việc thành lập Ủy ban lưu vực sông khu vực Bắc Trung Bộ, 2759/QĐ-TTg về việc thành lập Ủy ban lưu vực sông khu vực Nam Trung Bộ, 2760/QĐ-TTg về việc thành lập Ủy ban lưu vực sông khu vực Đông Nam Bộ), Chủ tịch của 4 Ủy ban nêu trên là Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường.
Phó Chủ tịch Thường trực là Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường. Thứ trưởng Bộ Công Thương, Thứ trưởng Bộ Xây dựng làm Phó Chủ tịch.
Các Ủy viên Ủy ban bao gồm: Đại diện lãnh đạo các Bộ Tài chính, Văn hóa, Thể thao và Du lịch, Quốc phòng, Công an.
Đại diện lãnh đạo Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương: Lai Châu, Lào Cai, Tuyên Quang, Cao Bằng, Điện Biên, Sơn La, Phú Thọ, Thái Nguyên, Lạng Sơn, Hà Nội, Bắc Ninh, Ninh Bình, Hưng Yên, Hải Phòng và Quảng Ninh (Ủy ban lưu vực sông khu vực khu vực Bắc Bộ); Sơn La, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Trị và Huế (Ủy ban lưu vực sông khu vực khu vực Bắc Trung Bộ); Đà Nẵng, Quảng Ngãi, Gia Lai, Đắk Lắk, Lâm Đồng và Khánh Hòa (Ủy ban lưu vực sông khu vực khu vực Nam Trung Bộ); Lâm Đồng, Đồng Nai, Thành phố Hồ Chí Minh và Tây Ninh (Ủy ban lưu vực sông khu vực khu vực Đông Nam Bộ).
Lãnh đạo các Cục: Quản lý tài nguyên nước, Môi trường, Quản lý và Xây dựng công trình thủy lợi, Quản lý đê điều và phòng, chống thiên tai, Thủy sản và Kiểm ngư, Lâm nghiệp và Kiểm lâm, Quản lý đất đai, Địa chất và Khoáng sản Việt Nam, Bảo tồn thiên nhiên và Đa dạng sinh học thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường; Cục Kỹ thuật an toàn và Môi trường công nghiệp thuộc Bộ Công Thương và Cục Kết cấu hạ tầng xây dựng thuộc Bộ Xây dựng.
Đại diện lãnh đạo Tập đoàn Điện lực Việt Nam và một số tổ chức khai thác, sử dụng nước, xả nước thải vào nguồn nước có quy mô lớn hoặc có tác động lớn tới nguồn nước của lưu vực sông; các nhà khoa học, các chuyên gia; các tổ chức chính trị xã hội được mời tham gia cuộc họp của Ủy ban hoặc các tiểu ban khi cần thiết.
Tùy thuộc vào tính chất đặc thù của từng lưu vực, Chủ tịch Ủy ban xem xét, quyết định việc thành lập Tiểu ban lưu vực sông khi cần thiết.
Chức năng, nhiệm vụ của Ủy ban
Các Ủy ban nêu trên là tổ chức phối hợp liên ngành, giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, điều phối, giám sát hoạt động bảo vệ, điều hòa, phân phối nguồn nước, giám sát các hoạt động khai thác, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước, bảo vệ môi trường lưu vực sông, việc phòng, chống và khắc phục tác hại do nước gây ra và tham gia, phối hợp giải quyết các vấn đề có tính liên ngành, liên vùng, liên địa phương trên các lưu vực sông liên tỉnh thuộc phạm vi trách nhiệm của mình.
Ủy ban lưu vực sông khu vực Bắc Bộ có nhiệm vụ thực hiện điều phối, giám sát hoạt động bảo vệ, điều hòa, phân phối, phục hồi, phát triển, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, phòng, chống, khắc phục tác hại do nước gây ra trên lưu vực sông Hồng - Thái Bình, lưu vực sông Bằng Giang - Kỳ Cùng và các lưu vực sông ven biển Quảng Ninh.
Ủy ban lưu vực sông khu vực Bắc Trung Bộ có nhiệm vụ thực hiện điều phối, giám sát hoạt động bảo vệ, điều hòa, phân phối, phục hồi, phát triển, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, phòng, chống, khắc phục tác hại do nước gây ra trên lưu vực sông Mã, Cả, Hương và các lưu vực sông khác, gồm: sông Tống, sông Yên, sông Lạch Bạng, sông Gianh, sông Ô Lâu.
Ủy ban lưu vực sông khu vực Nam Trung Bộ có nhiệm vụ thực hiện điều phối, giám sát hoạt động bảo vệ, điều hòa, phân phối, phục hồi, phát triển, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, phòng, chống, khắc phục tác hại do nước gây ra trên các lưu vực sông Vu Gia - Thu Bồn, Trà Khúc, Ba, Kôn - Hà Thanh và các lưu vực sông khác gồm: sông Lại Giang, sông Kỳ Lộ, sông Cái Ninh Hòa, sông Cái Nha Trang, sông Cái Phan Rang.
Ủy ban lưu vực sông khu vực Đông Nam Bộ có nhiệm vụ thực hiện điều phối, giám sát hoạt động bảo vệ, điều hòa, phân phối, phục hồi, phát triển, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, phòng, chống, khắc phục tác hại do nước gây ra trên lưu vực sông Đồng Nai và các lưu vực sông khác gồm sông Dinh, sông Đu Đủ và sông Ray...
