Theo Quyết định, cơ quan Tổng cục Thuế ở Trung ương gồm: Vụ Chính sách; Vụ Pháp chế; Vụ Dự toán thu thuế; Vụ Tuyên truyền - Hỗ trợ người nộp thuế; Vụ Kê khai và Kế toán thuế; Vụ Quản lý nợ và Cưỡng chế nợ thuế; Cục Thanh tra - Kiểm tra thuế; Cục Thuế doanh nghiệp lớn; Vụ Quản lý thuế Doanh nghiệp nhỏ và vừa và Hộ kinh doanh, cá nhân; Vụ Hợp tác Quốc tế; Cục Kiểm tra nội bộ; Giải quyết khiếu nại, tố cáo và Phòng chống tham nhũng; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Tài vụ - Quản trị; Văn phòng; Cục Công nghệ Thông tin; Trường Nghiệp vụ Thuế; Tạp chí Thuế.
Các tổ chức quy định từ Vụ Chính sách đến Cục Công nghệ Thông tin là các tổ chức hành chính giúp Tổng Cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức: Trường Nghiệp vụ Thuế và Tạp chí Thuế là đơn vị sự nghiệp.
Việc thành lập phòng thuộc Văn phòng và phòng thuộc cục thuộc Tổng cục Thuế phải đáp ứng các tiêu chí quy định tại Nghị định số 101/2020/NĐ-CP ngày 28/8/2020 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 123/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ.
Quyết định trên có hiệu lực thi hành kể từ ngày 20/5/2021.
