Bên cạnh đó, hệ sinh thái rừng ngập mặn là hệ thống mở và dễ bị tổn thương do sự xuất hiện của thiên tai bất thường, tác động bởi biến đổi khí hậu, nước biển dâng.
Vì vậy, để bảo vệ tài nguyên thiên nhiên và hệ sinh thái cũng như đời sống, tài sản người dân khu vực lân cận khu hành chính Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau, UBND tỉnh Cà Mau đã có tờ trình xin Trung ương xem xét hỗ trợ khẩn cấp từ nguồn vốn dự phòng ngân sách Trung ương năm 2019 để có thể triển khai Dự án đầu tư xây dựng bờ kè bảo vệ khu trụ sở làm việc Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau.
Theo đó, dự án đầu tư xây dựng bờ kè bảo vệ khu hành chính Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau dự kiến có tổng vốn đầu tư khoảng 40 tỷ đồng, thời gian thực hiện năm 2019 - 2020. Mục tiêu của dự án là xây dựng bờ kè, đường cặp theo kè và kết hợp xây dựng bến tàu tuần tra bảo vệ rừng nhằm chủ động trong công tác phòng chống thiên tai, bảo vệ lâu dài cho khu trụ sở làm việc Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau. Dự án góp phần ứng phó biến đổi khí hậu, nước biển dâng, xói mòn bờ sông, bảo vệ tài nguyên thiên nhiên, cảnh quan, hệ sinh thái nhằm duy trì giá trị thẩm mỹ của khu vực.
Dự án dự kiến sẽ xây dựng các hạng mục gồm: kè chống xói lở bờ sông Rạch Tàu, phạm vi trong khu vực khu hành chính Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau (dài khoảng 1,2km); đường cặp theo kè (dài khoảng 1,2km); một bến cầu tàu tuần tra bảo vệ rừng kết hợp phục vụ du lịch.
