Kết luận buổi làm việc, Phó Thủ tướng Chính phủ Vương Đình Huệ nhấn mạnh sự cần thiết của Quỹ hỗ trợ hợp tác xã trong việc triển khai các Nghị quyết của Trung ương về phát triển kinh tế hợp tác, nông nghiệp, nông thôn và nông dân.
Đối với việc sửa đổi, bổ sung Quyết định số 246, Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ yêu cầu Bộ Tài chính và các cơ quan liên quan xác định rõ trọng tâm, trọng điểm hỗ trợ của quỹ, theo nguyên tắc Nhà nước và nhân dân cùng làm, chú trọng đầu tư cho các hợp tác xã hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, có sản phẩm mang thương hiệu quốc gia, vùng miền. Đặc biệt, quỹ chỉ xây dựng và hỗ trợ cho các hợp tác xã theo các chương trình, đề án cụ thể và được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Lãnh đạo Chính phủ yêu cầu Bộ Tài chính phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư tìm nguồn (từ các nguồn ngân sách Nhà nước, ODA, Quỹ cổ phần hóa doanh nghiệp Nhà nước và các nguồn hợp pháp khác) để bổ sung vốn điều lệ cho quỹ, đề xuất Thủ tướng Chính phủ quyết định.
Đối với đề xuất của Liên minh hợp tác xã Việt Nam về bổ sung cơ chế cho vay vốn lưu động của Quỹ, Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ cho rằng chưa phù hợp vì việc cho vay vốn lưu động dễ xảy ra rủi ro, mất vốn Nhà nước nếu quỹ không đủ năng lực quản lý, giám sát hoạt động, dòng tiền của khách hàng vay vốn…
Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ đề nghị Quỹ cần thực hiện tốt hai nhiệm vụ bảo lãnh tín dụng và hỗ trợ lãi suất sau đầu tư theo tinh thần của Nghị định số 193/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Hợp tác xã; xây dựng quy trình bảo lãnh tín dụng 3 bên giữa hợp tác xã, ngân hàng và Quỹ; thực hiện việc nộp phí bảo lãnh tín dụng nhằm tăng cường trách nhiệm hoạt động của các hợp tác xã tham gia vay vốn.
Cùng với việc sửa đổi hoạt động của Quỹ hỗ trợ phát triển hợp tác xã Trung ương, lãnh đạo Chính phủ giao Bộ Tài chính chủ trì việc hướng dẫn, kiểm tra, giám sát, sớm xây dựng quy định về Quỹ hỗ trợ phát triển hợp tác xã của các địa phương. Nhằm bảo đảm thuận tiện và tính thống nhất đối với hoạt động của quỹ, Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ yêu cầu Bộ Tài chính lồng ghép hai dự thảo quyết định trên thành một quyết định của Thủ tướng Chính phủ.
