Theo Quyết định số 508/QĐ-TTg ngày 17/4/2015 của Thủ tướng Chính phủ về việc thành lập Ban Chỉ đạo liên ngành về tái cơ cấu ngành nông nghiệp theo hướng nâng cao giá trị gia tăng và phát triển bền vững giai đoạn 2015 - 2020, Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ chỉ đạo các Bộ, ngành nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành hỗ trợ thực hiện Đề án Tái cơ cấu ngành nông nghiệp theo hướng nâng cao giá trị gia tăng và phát triển bền vững được phê duyệt tại Quyết định số 899/QĐ-TTg ngày 10/6/2013 của Thủ tướng Chính phủ.
Đồng thời, giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hòa, phối hợp giữa các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ và các cơ quan có liên quan trong việc giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành thực hiện tái cơ cấu nông nghiệp trên toàn quốc; giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc, phối hợp giữa các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ với các cơ quan Đảng, Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể nhân dân nhằm huy động nguồn lực tham gia và hỗ trợ thực hiện tái cơ cấu nông nghiệp.
