Quy hoạch nhằm bảo đảm an ninh tài nguyên nước trên lưu vực sông, điều hòa, phân bổ tài nguyên nước một cách phù hợp, khai thác, sử dụng tiết kiệm, hiệu quả gắn với bảo vệ, phát triển bền vững tài nguyên nước nhằm đáp ứng nhu cầu nước cho dân sinh, phát triển kinh tế - xã hội, bảo đảm quốc phòng, an ninh và bảo vệ môi trường; bảo vệ tài nguyên nước, phòng, chống suy thoái, cạn kiệt, ô nhiễm nguồn nước và tác hại do nước gây ra, đáp ứng yêu cầu quản lý tổng hợp tài nguyên nước theo lưu vực sông và thích ứng với biến đổi khí hậu.
Quy hoạch nêu rõ chức năng nguồn nước, trong đó, các nguồn nước liên tỉnh, liên quốc gia trên lưu vực sông Sê San gồm các sông: Sê San, Đắk Bla, Sa Thầy, Đăk Pơ Ne, Kon Keng, Đăk Po Kei, Ia Krom, Đắk Cấm, Đăk Pru, Đăk Rơ Long, Đăk Ne, Đăk Psi, Đăk Ta Kan, Ia Nhinh, Ia Krel, Đăk Rơ Mao, Ia Tri có chức năng sử dụng cho các mục đích cấp nước sinh hoạt, sản xuất công nghiệp, sản xuất nông nghiệp, du lịch, kinh doanh dịch vụ, thủy điện, giao thông thủy.
Các nguồn nước dưới đất trên lưu vực sông Sê San có chức năng sử dụng cho các mục đích cấp nước sinh hoạt, sản xuất công nghiệp, tưới cây công nghiệp và kinh doanh dịch vụ.
Tổng lượng nước có thể khai thác, sử dụng trên toàn lưu vực ứng với tần suất 50% là 15.716 triệu m3; ứng với tần suất 85% là 11.962 triệu m3.
Trường hợp xảy ra thiếu nước nghiêm trọng, căn cứ hiện trạng nguồn nước, bản tin dự báo về tình hình khí tượng, thủy văn, tài nguyên nước, mức độ hạn hán, thiếu nước, lượng nước tích trữ trong các hồ chứa hiện có trên lưu vực sông, khả năng khai thác nước dưới đất các địa phương phối hợp với các bộ, ngành có liên quan xây dựng phương án sử dụng nguồn nước hiện có, nguồn nước dự phòng gửi Bộ Tài nguyên và Môi trường xem xét, quyết định phương án điều hòa, phân bổ nước phù hợp.
Việc khai thác, sử dụng nước phải bảo đảm giá trị dòng chảy tối thiểu trên sông, suối. Trường hợp xây dựng mới các công trình khai thác, sử dụng nước, căn cứ vào điều kiện thực tế, đặc điểm nguồn nước, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh xem xét quyết định giá trị dòng chảy tối thiểu sau công trình theo thẩm quyền, bảo đảm giá trị dòng chảy tối thiểu trên sông quy định tại Quyết định này.
Đối với việc chuyển nước sang lưu vực sông Trà Khúc từ công trình thủy điện Thượng Kon Tum phải bảo đảm dòng chảy tối thiểu trả về hạ lưu sông Đắk Bla theo quy trình vận hành liên hồ chứa. Chưa xem xét việc chuyển nước sang lưu vực khác đối với các công trình điều tiết, khai thác, sử dụng, phát triển tài nguyên nước khác trong kỳ Quy hoạch này.
Việc khai thác, sử dụng phải gắn với bảo vệ tài nguyên nước, bảo vệ nguồn sinh thủy, sự lưu thông dòng chảy, các hồ, ao có chức năng điều hòa, có giá trị đa dạng sinh học phù hợp với chức năng nguồn nước trong kỳ Quy hoạch.
Cụ thể, quản lý chặt chẽ rừng đầu nguồn, phấn đấu duy trì tỷ lệ che phủ rừng là nguồn sinh thủy trên lưu vực sông, đặc biệt là tại thượng lưu các sông Sê San, Đắk Bla và Sa Thầy. Quản lý không gian tiêu thoát nước, bảo đảm lưu thông dòng chảy trên các sông, suối gồm: Sê San, Đắk Bla, Sa Thầy, Đăk Pơ Ne, Kon Keng, Đăk Po Kei, Ia Krom, Đắk Cấm, Đăk Pru, Đăk Rơ Long, Đăk Ne, Đăk Psi, Đăk Ta Kan, Ia Nhinh, Ia Krel, Đăk Rơ Mao, Ia Tri. Các dự án kè bờ, gia cố bờ sông, san, lấp, lấn sông, cải tạo cảnh quan các vùng đất ven sông không được thu hẹp quá 5% bề rộng lòng sông. Các sông, suối khác căn cứ vào tầm quan trọng phục vụ phát triển kinh tế - xã hội, điều hòa, cảnh quan môi trường cơ quan quản lý có thẩm quyền xem xét, quyết định việc quản lý không gian tiêu thoát nước cho phù hợp.
Quản lý, giám sát các cơ sở sản xuất có hoạt động xả nước thải, thu gom, xử lý nước thải đô thị xả vào nguồn nước để bảo đảm chức năng nguồn nước theo quy định; công bố, quản lý chặt chẽ danh mục các hồ, ao không được san lấp, các hồ, ao có chức năng điều hòa, có giá trị cao về đa dạng sinh học.
