Một trong những nhiệm vụ và giải pháp thực hiện Chương trình là đẩy mạnh nghiên cứu khoa học về y dược cổ truyền, triển khai các nhiệm vụ khoa học và công nghệ về y dược cổ truyền, tập trung vào phát hiện, chứng minh khoa học và thương mại hóa thuốc/bài thuốc cổ truyền, khuyến khích sử dụng thuốc/bài thuốc cổ truyền, thuốc dược liệu được nuôi trồng trong nước trong khám chữa bệnh.
Bên cạnh đó nghiên cứu về tính vị và tác dụng theo y học cổ truyền của các vị thuốc nam, thuốc dân gian, bài thuốc kinh nghiệm được xác định theo y học cổ truyền và y học hiện đại có tác dụng trong điều trị một số bệnh, chứng bệnh; nghiên cứu lựa chọn về các bài thuốc dân gian, bài thuốc kinh nghiệm được xác định theo y dược cổ truyền và y dược hiện đại có tác dụng trong điều trị một số chứng bệnh, bệnh...
Nhiệm vụ và giải pháp khác là nâng cao chất lượng đào tạo nguồn nhân lực, đáp ứng yêu cầu phát triển y dược cổ truyền và kết hợp y dược cổ truyền với y dược hiện đại, chú trọng "Nghiên cứu xây dựng chuẩn chương trình đào tạo, chuẩn năng lực bậc đại học cho ngành y dược cổ truyền". Tiếp tục thực hiện xây dựng, cải tạo, nâng cấp và đầu tư trang thiết bị các bệnh viện y dược cổ truyền theo Quyết định 362/QĐ-TTg ngày 11/3/2014 của Thủ tướng Chính phủ; ưu tiên dành nguồn lực cho công tác phát triển y tế cơ sở thuộc lĩnh vực y, dược cổ truyền.
Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra đối với các cơ sở khám chữa bệnh y dược cổ truyền và hoạt động mua bán, kinh doanh, xuất khẩu, nhập khẩu dược liệu, thuốc cổ truyền; phát huy vai trò các hiệp hội, hội, doanh nghiệp trong lĩnh vực y dược cổ truyền trong việc tham gia ý kiến xây dựng các cơ chế, chính sách phát triển y dược cổ truyền, phát triển dược liệu, thương mại hóa sản phẩm, thuốc cổ truyền.
Đẩy mạnh thông tin, truyền thông về thuốc và các phương pháp điều trị của y dược cổ truyền, giúp nhân dân hiểu đúng về tác dụng, hiệu quả của thuốc và các phương pháp điều trị của y dược cổ truyền; về các thành tựu của y dược cổ truyền, tổ chức các hoạt động tôn vinh danh y, thầy thuốc y dược cổ truyền; tăng cường công tác quản lý thông tin, tuyên truyền, quảng cáo về y dược cổ truyền.
