Trong quyết định kháng nghị, Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội nhận định: Bản án hình sự sơ thẩm số 48/2019/HS-ST ngày 30/1/2019 của Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội xác định thiệt hại và quyết định áp dụng biện pháp tư pháp trong vụ án là không đúng bản chất và trái quy định của pháp luật.
Cụ thể, đối với việc xác định thiệt hại của Nhà nước tại 7 dự án bất động sản, kết quả điều tra xác định: Phan Văn Anh Vũ cùng đồng phạm đã lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ để được nhận 7 dự án nhà, đất công sản không phải qua đấu giá và được hưởng các ưu đãi khác nhằm hưởng lợi bất chính, như vậy việc giao các dự án này là trái quy định của pháp luật, gây thiệt hại cho Nhà nước. Tính đến thời điểm khởi tố, tại các dự án trên, Vũ là người trực tiếp quản lý, sử dụng và được hưởng lợi. Trong thời gian này, Nhà nước đã mất đi quyền quản lý, khai thác sử dụng các tài sản công.
Hành vi phạm tội của Vũ cùng đồng phạm không phải là hành vi chiếm đoạt mà là hành vi gây thiệt hại cho Nhà nước vì mục đích vụ lợi và được kéo dài từ thời điểm được giao tài sản đến thời điểm bị khởi tố. Do đó, theo Viện Kiểm sát, thiệt hại trong trường hợp này cần phải được tính tại thời điểm khởi tố là hơn 1.159 tỷ đồng mới phù hợp với thực tế. Việc bản án sơ thẩm chỉ tính thiệt hại ngay tại thời điểm giao đất với số tiền hơn 135 tỷ đồng là chưa đánh giá đúng bản chất của vụ án cũng như hậu quả mà các bị cáo đã gây ra cho Nhà nước và xã hội.
Mặt khác, Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội cho rằng, việc Tòa án tuyên thu hồi 7 dự án nhà, đất đã kê biên nêu trên để nộp vào ngân sách Nhà nước là không đúng quy định, bởi các dự án này do UBND thành phố Đà Nẵng và UBND Thành phố Hồ Chí Minh giao đất, cho thuê đất không qua đấu giá quyền sử dụng đất là trái các quy định tại các Điều 55, 56 và 118 - Luật Đất đai năm 2013 nên phải áp dụng pháp luật chuyên ngành là Luật Đất đai năm 2013 làm căn cứ để giải quyết. Viện Kiểm sát đã viện dẫn các quy định tại Điều 64, Điều 66 - Luật Đất đai năm 2013, thẩm quyền thu hồi đất thuộc UBND cấp tỉnh.
Như vậy, việc xử lý 7 dự án nhà đất công sản trên cần phải tuyên theo hướng: Hủy các quyết định giao đất trái pháp luật của UBND thành phố Đà Nẵng và UBND Thành phố Hồ Chí Minh; giao cho UBND thành phố Đà Nẵng và UBND Thành phố Hồ Chí Minh thu hồi, quản lý và xử lý theo quy định của pháp luật 6 cơ sở nhà đất, gồm: (1) Nhà công sản tại số 319 Lê Duẩn, phường Tân Chính, quận Thanh Khê, thành phố Đà Nẵng; (2) Nhà đất tại số 16 Bạch Đằng, phường Thạch Thang, quận Hải Châu, thành phố Đà Nẵng; (3) Khu đất đường Ngô Quyền, phường An Hải Bắc, quận Sơn Trà, thành phố Đà Nẵng; (4) Khu đất tại đường ven biển Sơn Trà - Điện Ngọc, phường Hòa Hải, quận Ngũ Hành Sơn, thành phố Đà Nẵng; (5) Nhà đất tại số 8 Nguyễn Trung Trực, Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh; (6) Nhà, đất tại số 15 Thi Sách, Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh. Đối với nhà đất tại số 129 Pasteur, Phường 6, Quận 3, Thành phố Hồ Chí Minh, giao cho Bộ Công an phối hợp với UBND Thành phố Hồ Chí Minh báo cáo Thủ tướng Chính phủ đề xuất biện pháp thu hồi đảm bảo không thất thoát tài sản Nhà nước đồng thời bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp cho những người có liên quan.
Trong bản án sơ thẩm, Tòa án cấp sơ thẩm đã quyết định tịch thu sung quỹ Nhà nước số tiền đang tạm giữ của bị cáo Vũ; tiền trong các tài khoản của cá nhân bị cáo Vũ, Công ty Xây dựng Bắc Nam 79, Công ty Chấn Phong, tiền của Tổng Công ty Thủy sản Việt Nam còn nợ Công ty Xây dựng Bắc Nam 79.
Quan điểm của Viện Kiểm sát cho rằng, việc Tòa án tuyên tịch thu các khoản tiền nêu trên để nộp vào ngân sách Nhà nước là không có cơ sở, do các khoản tiền này được xác định là tài sản của cá nhân Phan Văn Anh Vũ và của các công ty có liên quan đến Vũ. Quá trình điều tra không chứng minh được đây là tiền trực tiếp liên quan đến tội phạm do Vũ phạm tội mà có hoặc là tiền thu lợi bất chính, trong đó có khoản tiền lương hơn 1,3 tỷ đồng tạm giữ của Vũ được coi là thu nhập hợp pháp. Do vậy không có căn cứ tịch thu mà chỉ có thể tiếp tục tạm giữ số tiền đã thu giữ và phong tỏa để đảm bảo thi hành án. Việc Tòa án tuyên tịch thu sung quỹ Nhà nước toàn bộ các khoản tiền trên là không có căn cứ, ảnh hưởng đến quyền và lợi ích hợp pháp của bị cáo Phan Văn Anh Vũ và những người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan.
Trên cơ sở những nhận định này, Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội đã quyết định kháng nghị phần xác định thiệt hại của vụ án và quyết định về biện pháp tư pháp của Bản án hình sự sơ thẩm số 48/2019/HS-ST ngày 30/1/2019 của Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội. Đồng thời, đề nghị Tòa án nhân dân cấp cao tại Hà Nội xét xử phúc thẩm vụ án theo hướng sửa Bản án hình sự sơ thẩm về việc xác định thiệt hại, thu hồi tài sản và tịch thu tài sản sung quỹ Nhà nước như đã phân tích trên theo đúng quy định của pháp luật.
Hiện, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đã nhận được đơn kháng cáo của hai bị cáo trong vụ án này, gồm: Bùi Văn Thành (sinh năm 1959, cựu Trung tướng, Thứ trưởng Bộ Công an) và Trần Việt Tân (sinh năm 1955, cựu Thượng tướng, Thứ trưởng Bộ Công an). Trong đó, bị cáo Bùi Văn Thành kháng cáo, đề nghị được xem xét các tình tiết giảm nhẹ và xin được hưởng án treo. Bị cáo Trần Việt Tân không chấp nhận những phán quyết của Toà cấp sơ thẩm về nội dung cũng như hình phạt đối với bị cáo, đồng thời đề nghị Tòa cấp phúc thẩm xem xét giải quyết, bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho bị cáo theo quy định của pháp luật.