Trả lời thẩm phấn của Hội đồng xét xử, hầu hết các bị cáo đều thừa nhận hành vi sai phạm của mình, thừa nhận nội dung cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao đã truy tố là đúng, không oan.
Cáo trạng xác định bị cáo Tuấn đã đồng ý cho Công ty Hoàng Nga và Công ty Kim Hòa Phát gửi vật tư vào Bệnh viện Tim Hà Nội theo hình thức dùng trước, trả tiền sau. Để hợp thức việc trả tiền, bị cáo Tuấn và các bị cáo cấp dưới đã hợp thức hóa bằng cách lập hồ sơ thầu và chỉ định thầu trong các năm 2016 - 2017, gây thiệt hại hơn 53 tỷ đồng.
Trình bày tại phiên tòa, nguyên Giám đốc Bệnh viện Tim Hà Nội Nguyễn Quang Tuấn thừa nhận việc chỉ định thầu để đưa vật tư vào bệnh viện là sai nhưng cho biết là bị cáo “không còn cách nào khác”. Bị cáo Tuấn muốn trình bày lý do chỉ định thầu song chủ tọa phiên tòa nói sẽ để dành thời gian cho bị cáo nói ở phần tranh luận.
Bị cáo Tuấn khai, chủ trương ký gửi vật tư đã có trước khi bị cáo về làm Giám đốc Bệnh viện Tim Hà Nội (từ năm 2012 - 2020), do vậy bị cáo cũng chỉ đạo cấp dưới cho doanh nghiệp gửi để bệnh viện có hàng hóa, thiết bị vào điều trị. Bị cáo đồng ý cho Công ty Hoàng Nga và Kim Hòa Phát gửi bán vật tư, thiết bị tiêu hao vào bệnh viện trước; sau đó chỉ đạo bị cáo Hoàng Thị Ngọc Hưởng (nguyên Phó Giám đốc Bệnh viện) và Đoàn Trọng Bình (nguyên Phó phòng Vật tư) hợp pháp hóa hồ sơ.
Bị cáo Tuấn cũng khai đã chỉ đạo cấp dưới hợp thức hồ sơ sao cho giá mua hàng hóa ở thời điểm làm hồ sơ thấp hơn giá mà các mặt hàng đã được 2 nhà thầu bán ở bệnh viện từ nhiều năm trước. Sau khi các bộ phận hoàn tất thủ tục, bị cáo Tuấn ký rồi để cấp dưới làm việc, không cần báo cáo lại giám đốc.
Nguyên Giám đốc Bệnh viện Tim Hà Nội đã thừa nhận không có báo giá các mặt hàng, thiết bị và việc mua sắm vật tư chỉ dựa trên việc "đối chiếu với năm trước và các bệnh viện khác", thấp hơn thì mua. Bị cáo Tuấn cho rằng nếu lúc đó có so sánh với bảng giá thị trường sẽ không phát sinh sai phạm và thừa nhận mình chịu trách nhiệm chính trong vụ án này.
Bị cáo Tuấn cho biết đã được các công ty Hoàng Nga, Kim Hòa Phát tặng số quà Tết gồm 10.000 USD, một chai rượu, hộp xì gà trong các năm 2016 - 2017. Đến nay, bị cáo đã nộp lại toàn bộ số tiền này và vợ bị cáo còn nộp thay bị cáo thêm 6 tỷ đồng để khắc phục hậu quả.
Ngoài ra, các doanh nghiệp trên còn tài trợ cho các hoạt động chung của Bệnh viện Tim Hà Nội nhưng bị cáo Tuấn không nhớ rõ cụ thể số tiền tài trợ là bao nhiêu.
Các bị cáo nguyên là cán bộ cấp dưới của bị cáo Tuấn cũng đều thừa nhận sai phạm của mình. Bị cáo Hoàng Thị Ngọc Hưởng thừa nhận đã thực hiện hành vi vi phạm của mình trong quá trình chỉ đạo đấu thầu, từ thẩm định giá, lập hồ sơ… và khẳng định cáo trạng truy tố bị cáo là đúng.
Bị cáo Đoàn Trọng Bình (nguyên Phó phòng Vật tư Bệnh viện Tim Hà Nội, Ủy viên Hội đồng mua sắm kiêm thành viên tổ chuyên gia đấu thầu) thừa nhận biết bệnh viện tổ chức đấu thầu 5 gói thầu mua sắm vật tư tiêu hao giai đoạn 2016 - 2017. Theo quy định, quy trình đấu thầu phải đúng trình tự pháp luật, song theo chỉ đạo của bị cáo Nguyễn Quang Tuấn, bị cáo Bình đã đồng ý để Công ty Hoàng Nga và Công ty Kim Hòa Phát ký gửi vật tư, thiết bị để sử dụng trước khi đấu thầu. Sau đó, bệnh viện mới lập danh mục vật tư, hóa chất, đơn giá của các gói thầu để giám đốc phê duyệt. Việc lập danh mục thiết bị trước khi diễn ra đấu thầu không thông qua Hội đồng mua sắm và tổ chức họp, mà theo đơn giá do các công ty Hoàng Nga, Kim Hòa Phát đề nghị.
Trả lời thẩm vấn của Hội đồng xét xử, các bị cáo thuộc nhóm các công ty Hoàng Nga và Kim Hòa Phát thừa nhận việc thanh toán vật tư đã ký gửi trước đó là không khách quan, tuy nhiên do muốn bán được hàng hóa nên nhiều lúc đã thực hiện không đúng, thực hiện không đầy đủ quy định của pháp luật
Theo cáo trạng, bị cáo Nguyễn Đức Đảng (Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Hoàng Nga) và Phan Tuấn Đạt (Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Kim Hòa Phát) đặt vấn đề và được bị cáo Nguyễn Quang Tuấn đồng ý cho 2 doanh nghiệp này được bán các mặt hàng vật tư tiêu hao can thiệp tim mạch vào bệnh viện với đơn giá theo thỏa thuận.
Giai đoạn 2016 - 2017, Bệnh viện Tim tổ chức đấu thầu riêng 5 gói thầu chuyên mua sắm vật tư tiêu hao can thiệp tim mạch, tổng trị giá hơn 595 tỷ đồng gồm 5 gói đấu thầu rộng rãi 223 mặt hàng trị giá trên 247 tỷ đồng và 4 gói chỉ định thầu rút gọn mua 538 mặt hàng, trị giá gần 348 tỷ đồng. Kết quả, Công ty Hoàng Nga đã tham gia và trúng 5 gói thầu còn Kim Hòa Phát đã trúng 4 gói thầu gồm 400 Stent và một số vật tư khác. Tuy nhiên, những mặt hàng này bị nâng giá cao hơn thực tế, theo cáo trạng.
Để hợp thức hồ sơ thầu mua vật tư tiêu hao can thiệp tim mạch của các công ty Hoàng Nga và Kim Hòa Phát, bị can Nguyễn Quang Tuấn đã lợi dụng chức vụ quyền hạn can thiệp trái pháp luật vào hoạt động đấu thầu.
Cơ quan định giá kết luận, hành vi thông thầu nói trên gây thiệt hại cho Bệnh viện Tim, Quỹ bảo hiểm xã hội hơn 22,8 tỷ đồng tại 5 gói thầu năm 2016 và hơn 30 tỷ đồng với các gói thầu năm 2017.