Theo đó, bị can chủ mưu trong vụ án được Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao xác định là Châu Thị Mỹ Linh, Tổng Giám đốc Công ty Yên Phước. Linh chỉ đạo cấp dưới khai thác, “phù phép” việc chuyển nhượng trái pháp luật để Công ty Đông Bắc Hải Dương khai thác trái phép than tại mỏ than Minh Tiến với số lượng hơn 3 triệu tấn, gấp 23,4 lần tổng sản lượng được cấp phép. Nhiều hoạt động sổ sách giấy tờ khác được Linh và đồng bọn thực hiện nhằm che giấu hành vi vi phạm.
Hỗ trợ đắc lực cùng Linh là hai anh em Bùi Hữu Thanh và Bùi Hữu Giang bị truy tố về tội “Vi phạm quy định về khai thác tài nguyên” và “Mua bán trái phép hóa đơn”. Giang và Thanh góp vốn vào Công ty Đông Bắc Hải Dương. Với sự giúp sức của hai anh em Thanh và Giang, Linh đã thực hiện trót lọt việc khai thác trái phép hơn 3 triệu tấn than và khoáng sản đi kèm, vượt hàng chục lần so với sản lượng được cấp trong giấy phép, thu lợi bất chính hơn 213 tỷ đồng. Để hợp thức hóa số than khai thác trái phép được, nhóm của Linh đã mua bán trái phép hóa đơn.
Cùng với đó, nhiều cựu lãnh đạo, cán bộ của Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Thái Nguyên bị xác định thiếu trách nhiệm trong công tác quản lý, kiểm tra, giám sát, xử lý những vi phạm, dẫn tới hậu quả nghiêm trọng.
Trong đó, Nguyễn Thanh Tuấn, cựu Giám đốc Sở Tài nguyên Môi trường tỉnh Thái Nguyên bị truy tố về tội "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng". Bên cạnh đó, nhiều cựu cán bộ bị truy tố như: Nguyễn Thế Giang (cựu Phó Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Thái Nguyên); Lại Trung Hiếu (cựu Phó trưởng Phòng Khoáng sản, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Thái Nguyên); Nguyễn Ngô Quyết (cựu Giám đốc Sở Công Thương tỉnh Thái Nguyên); Nguyễn Văn Phong (cựu Trưởng Phòng Kỹ thuật an toàn môi trường, Sở Công Thương tỉnh Thái Nguyên)...