Theo đó, Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố Nguyễn Thị Thanh Nhàn (cựu Chủ tịch Công ty AIC) và 13 người khác trong vụ án.
Nguyễn Thị Thanh Nhàn cùng Trần Mạnh Hà (Phó Tổng Giám đốc AIC), Trần Đăng Tấn (Trưởng đại diện Công ty AIC tại TP Hồ Chí Minh) bị truy tố tội "Đưa hối lộ", "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" và "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Dương Hoa Xô (cựu Giám đốc Trung tâm Công nghệ sinh học TP Hồ Chí Minh) bị truy tố tội "Nhận hối lộ". Trần Thị Bình Minh (cựu Phó giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hồ Chí Minh) cùng Phan Tất Thắng (cựu Phó phòng của Sở này) bị truy tố về tội "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Tám bị can khác là cán bộ của Trung tâm Công nghệ sinh học TP Hồ Chí Minh, Công ty Kiểm toán AISC, Viện Xây dựng và quản trị kinh doanh TP Hồ Chí Minh, Công ty Thẩm định giá SEAAC, Sở Kế hoạch và Đầu tư TP Hồ Chí Minh cũng bị truy tố.
Theo nội dung cáo trạng, năm 2014, Trung tâm Công nghệ sinh học được phê duyệt kế hoạch chọn nhà thầu cung cấp thiết bị dự án với giai đoạn 1 trị giá 149 tỷ đồng, giai đoạn 2 trị giá khoảng 200 tỷ đồng và giai đoạn 3 trị giá hơn 75 tỷ đồng. Biết Trung tâm Công nghệ sinh học đang triển khai dự án 12 phòng thí nghiệm, cựu Chủ tịch AIC Nguyễn Thị Thanh Nhàn tiếp cận, làm quen và đề nghị Dương Hoa Xô, Giám đốc Trung tâm Công nghệ sinh học TP Hồ Chí Minh cho Công ty AIC tham gia, tạo điều kiện để doanh nghiệp này trúng thầu, và xây dựng mức giá để AIC hưởng lợi 40% giá trị gói thầu. Đề nghị của bị can Nhàn đã được bị can Xô đồng ý.
Quá trình thực hiện, các bị can thông đồng với Công ty Tư vấn Hồng Hà và công ty khác do AIC chỉ định, lập hồ sơ mời thầu theo hướng có lợi cho Công ty AIC. Nhờ đó, Công ty AIC và Công ty Mopha (thuộc hệ sinh thái AIC) đã trúng 6 gói thầu, còn các công ty do AIC chỉ định gồm Công ty Gene Việt, Công ty Việt Á, Công ty Vimedimex trúng 3 gói thầu. Kết quả đấu thầu, Công ty AIC và các công ty được Công ty AIC chỉ định đứng tên thay cho Công ty AIC trúng 6 gói thầu, tổng trị giá 305,4 tỷ đồng; gây thiệt hại 83,1 tỷ đồng.
Cũng theo cáo buộc, sau khi được tạo điều kiện để trúng thầu, bị can Trần Thị Bình Minh được phía Công ty AIC gửi quà với số tiền 900 triệu đồng. Còn Dương Hoa Xô nhận quà với tổng số tiền hơn 14 tỷ đồng. Để Công ty AIC trúng thầu còn có sự giúp sức với vai trò khác nhau của các bị can thuộc Công ty AIC và các Công ty có liên quan; bên cạnh đó là hành vi tạo điều kiện của các bị can thuộc Chủ đầu tư, làm trái quy định về quản lý nhà nước của các bị can thuộc cơ quan quản lý Nhà nước trong quá trình thực hiện Kế hoạch đấu thầu.
Cũng theo nội dung cáo trạng, các bị can: Nguyễn Thị Thanh Nhàn, Trần Mạnh Hà, Trần Đăng Tấn, Đỗ Vân Trường bỏ trốn, gây khó khăn cho việc giải quyết vụ án. Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã quyết định truy nã nhưng không có kết quả; phát thư kêu gọi ra đầu thú để hưởng chính sách khoan hồng của Đảng và Nhà nước; đồng thời, áp dụng đầy đủ các biện pháp để đảm bảo thực hiện quyền bào chữa theo quy định; trường hợp không ra đầu thú coi như từ bỏ quyền bào chữa và bị truy tố, xét xử.