Quá trình đấu tranh, đối tượng San khai nhận: Khoảng 24 giờ ngày 9/4, San có dùng dây điện dài khoảng 50cm đánh vào lưng và chân con trai là Phùng Xuân A khoảng 15 phút. Sau đó, San bắt cháu A đứng ở giữa nhà đến 3 giờ 30 phút ngày 10/4 mới cho đi ngủ.
Đến khoảng 5 giờ ngày 10/4, đối tượng San đi làm và đến 11 giờ cùng ngày mới về nhà thì phát hiện cháu A đang nằm trên ghế trong nhà. Lúc này đối tượng kiểm tra không thấy con động đậy, phát hiện cháu đã tử vong. Khoảng 19 giờ cùng ngày (10/4), San đã lấy xe máy chở xác cháu Phùng Xuân A đi vứt tại khu vực khe Tùng Chiêu thuộc thôn Thác Tiên, xã Mỏ Vàng (cách nhà hơn 3km).
Sau đó, lãnh đạo xã Mỏ Vàng và các lực lượng Công an, quân sự xã trực tiếp đến hiện trường nắm tình hình, chỉ đạo các cơ quan chức năng bảo vệ hiện trường. Công an xã tiến hành tạm giữ đối tượng Phùng Văn San, lập hồ sơ ban đầu và tiếp tục đấu tranh với nghi phạm; đồng thời báo cáo Công an tỉnh Lào Cai xin ý kiến chỉ đạo về nghiệp vụ theo quy định.
Đến nay, các cơ quan chức năng đã khám nghiệm tử thi và đang chờ kết luận.