Cụ thể, Thủ tướng Chính phủ phân công Phó Thủ tướng Chính phủ Lê Văn Thành đảm nhận chức danh Chủ tịch Ủy ban sông Mê Công Việt Nam; phân công Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Trần Hồng Hà đảm nhận chức danh Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban sông Mê Công Việt Nam; phân công đảm nhận chức danh Phó Chủ tịch Ủy ban sông Mê Công Việt Nam đối với: Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Đặng Hoàng Giang; Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Thị Bích Ngọc; Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Nguyễn Hoàng Hiệp.
Theo Quyết định 619/QĐ-TTg ngày 8/5/2020 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Ủy ban sông Mê Công Việt Nam, Ủy ban sông Mê Công Việt Nam là tổ chức phối hợp liên ngành, giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, quản lý các hoạt động liên ngành, liên tỉnh, liên quốc gia nhằm quản lý và sử dụng hiệu quả và bền vững tài nguyên nước và các tài nguyên liên quan trên lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk của Việt Nam, theo quy định của Hiệp định Hợp tác Phát triển bền vững lưu vực sông Mê Công, Luật Tài nguyên nước, Luật Bảo vệ môi trường và các văn bản pháp luật có liên quan.
Ủy ban sông Mê Công Việt Nam có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành, liên quốc gia trên lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk của Việt Nam.
Bên cạnh đó, Ủy ban giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hòa, phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương, các tổ chức, đối tác quốc tế, khu vực, trong nước và các cá nhân liên quan trong việc theo dõi, kiểm tra, giám sát thực hiện các hoạt động liên ngành trên lưu vực sông Mê Công, bao gồm cả các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk của Việt Nam.
Đồng thời, Ủy ban giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các bộ, ngành, địa phương và các tổ chức, cá nhân có liên quan thực hiện Hiệp định Hợp tác phát triển bền vững lưu vực sông Mê Công và các quy chế, thủ tục liên quan; thực hiện các quy hoạch tài nguyên nước lưu vực sông liên tỉnh; quy hoạch môi trường và chuyên ngành có khai thác, sử dụng tài nguyên nước trên các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk; thực hiện các chương trình, đề án, dự án đã được phê duyệt trên các lưu vực sông Cửu Long và sông Sê San - Srêpốk.
Ủy ban sông Mê Công Việt Nam tổ chức nghiên cứu khoa học công nghệ và đề xuất các giải pháp giảm thiểu tác động của các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội của các quốc gia thượng nguồn tới các vùng lãnh thổ của Việt Nam thuộc lưu vực sông Mê Công trong bối cảnh biến đổi khí hậu; tác động của các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội của Việt Nam trong lưu vực sông Mê Công có tác động xuyên biên giới.
Bên cạnh đó, Ủy ban có trách nhiệm theo dõi, giám sát diễn biến tài nguyên nước, các hoạt động sử dụng, bảo vệ, phát triển bền vững tài nguyên nước và tài nguyên liên quan trên lưu vực sông Mê Công nhằm đảm bảo sử dụng công bằng và hợp lý nguồn nước sông Mê Công, bảo vệ quyền lợi của Việt Nam thông qua quy hoạch tổng thể, các dự án hợp tác và nghiên cứu khoa học công nghệ cho lưu vực Mê Công, đặc biệt là các dự án trên dòng chính.
