Theo quy định, Cổng thông tin một cửa quốc gia có chức năng sau: Tiếp nhận chứng từ điện tử, thông tin khai và các thông tin có liên quan, xác thực chữ ký số của người khai và các cơ quan xử lý; chuyển chứng từ điện tử, thông tin khai và các thông tin có liên quan của người khai đến hệ thống xử lý chuyên ngành đồng thời lưu trữ thông tin từ người khai trên Cổng thông tin một cửa quốc gia nhằm mục đích tra cứu, thống kê; tiếp nhận kết quả xử lý và thông báo từ hệ thống xử lý chuyên ngành; phản hồi kết quả xử lý cho người khai và hệ thống xử lý chuyên ngành có liên quan;...
Cổng thông tin một cửa quốc gia cũng có chức năng lưu trữ trạng thái của các giao dịch điện tử, chứng từ điện tử được thực hiện trên Cổng thông tin một cửa quốc gia. Thời hạn lưu trữ trạng thái các giao dịch điện tử và chứng từ điện tử thực hiện theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử và quy định lưu trữ hồ sơ của pháp luật chuyên ngành; cung cấp thông tin bao gồm: Thông tin giải quyết thủ tục hành chính, thống kê số liệu theo yêu cầu từ các cơ quan xử lý và người khai phù hợp chức năng, thẩm quyền của cơ quan xử lý và quyền, trách nhiệm của người khai; đăng tải quy định của pháp luật chuyên ngành về chính sách quản lý, thủ tục hành chính và người thực hiện theo quy định của nghị định này; kết nối với hệ thống thông tin của các quốc gia và vùng lãnh thổ theo thỏa thuận quốc tế đã ký kết, điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.
Theo nghị định trên, việc vận hành Cổng thông tin một cửa quốc gia phải đáp ứng các yêu cầu sau: Tuân thủ các quy định của pháp luật về bảo vệ bí mật nhà nước, bí mật thương mại, bí mật kinh doanh và các quy định khác của pháp luật có liên quan; đảm bảo tính chính xác, minh bạch, khách quan, đầy đủ và kịp thời của các thủ tục hành chính được thực hiện thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia; tạo thuận lợi cho cá nhân, tổ chức khi thực hiện thủ tục hành chính thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia.
Cổng thông tin một cửa quốc gia thực hiện các giao dịch điện tử sau: Khai, nhận, phản hồi thông tin về việc xử lý hồ sơ để thực hiện thủ tục hành chính một cửa trên Cổng thông tin một cửa quốc gia; tiếp nhận và chuyển thông tin khai từ Cổng thông tin một cửa quốc gia đến các hệ thống xử lý chuyên ngành; nhận kết quả xử lý được gửi từ các hệ thống xử lý chuyên ngành tới Cổng thông tin một cửa quốc gia; trao đổi thông tin giữa các hệ thống xử lý chuyên ngành thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia; trao đổi thông tin giữa Cổng thông tin một cửa quốc gia Việt Nam với hệ thống thông tin của các quốc gia và vùng lãnh thổ theo thỏa thuận quốc tế đã ký kết, các điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.
Nghị định quy định đơn vị quản lý Cổng thông tin một cửa quốc gia là Tổng cục Hải quan trực thuộc Bộ Tài chính.
