Tuy nhiên, di tích này đang xuống cấp nghiêm trọng, nguy cơ sập đổ rất cao.
Từ năm 2012, mái ngói chính giữa đình bị sụp đổ do mưa bão, tiếp đó đến mái ngói phía Bắc và phía Nam lần lượt bị sập xuống. Dui, kèo trên mái mục, các cột gỗ chống ở các góc đình cũng bị bở bục. Đặc biệt, các gian thờ tan hoang, những mảnh gạch gói vương khắp nơi. Sân đình mỗi khi mưa xuống là ngập nước, cỏ dại đua nhau mọc.
Lo ngại đình sập ảnh hưởng đến tính mạng, 6 – 7 năm nay, người dân trong làng không dám vào trong làm lễ. Ngay cả khi tổ chức hội làng hay giỗ Thánh, dân làng chỉ tổ chức ngoài sân đình vì khu thờ tự không còn đảm bảo an toàn. Người dân thôn Thần Quy đang xót xa khi di tích ngày càng xuống cấp nghiêm trọng, đình không còn là nơi thờ tự đúng nghĩa. Nhiều lần người dân kiến nghị lên các cấp chính quyền nhưng di tích vẫn chưa được tu bổ.
Năm 2014, chính quyền xã Tân Minh và huyện Phú Xuyên đã báo cáo Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội, UBND TP Hà Nội về tình trạng xuống cấp của di tích. Năm 2016, huyện Phú Xuyên phân bổ 400 triệu đồng tu bổ, tôn tạo phần mái di tích đình Thần Quy. Cùng với việc huy động xã hội hóa trong nhân dân, dự kiến mái đình sẽ được tu bổ vào cuối năm nay. Tuy vậy, theo dự toán tổng đầu tư tu bổ tổng thể công trình, kinh phí cần tu bổ lên tới 17 tỷ đồng nhưng nguồn ngân sách đang rất khó khăn.
Ông Trương Minh Tiến, Phó Giám đốc Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội cho biết, theo quy định phân cấp, huyện Phú Xuyên phải có trách nhiệm đầu tư bảo tồn, tôn tạo các di tích trên địa bàn do cấp mình quản lý. Đối với di tích quốc gia Đình Thần Quy, thành phố sẽ hỗ trợ một phần kinh phí tu bổ, nguồn kinh phí chính do huyện bố trí. Để nhận được kinh phí từ ngân sách thành phố hỗ trợ, huyện Phú Xuyên phải có báo cáo, xác định rõ nguồn vốn đối ứng từ ngân sách địa phương hoặc từ nguồn xã hội hóa. Do việc chưa bố trí được nguồn vốn của huyện Phú Xuyên, di tích đình Thần Quy vẫn tiếp tục xuống cấp, có thể sập đổ bất cứ lúc nào.
