Dự thảo đề xuất, lãnh đạo Tổng cục sẽ có Tổng Cục trưởng và không quá 4 Phó Tổng cục trưởng. Tổng cục trưởng, Phó Tổng cục trưởng do Bộ trưởng Bộ Công Thương bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, kéo dài thời gian giữ chức vụ, điều động, luân chuyển, biệt phái; tạm đình chỉ, đình chỉ chức vụ, cho từ chức, miễn nhiệm, cách chức theo quy định của pháp luật.
Theo đó, Tổng cục trưởng là người đứng đầu Tổng cục, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Công Thương và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Tổng cục Quản lý thị trường. Các Phó Tổng cục trưởng chịu trách nhiệm trước Tổng cục trưởng và trước pháp luật về lĩnh vực được phân công phụ trách.
Tổng cục trưởng bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, kéo dài thời gian giữ chức vụ, điều động, luân chuyển, biệt phái; tạm đình chỉ, đình chỉ chức vụ, cho từ chức, miễn nhiệm, cách chức người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu các tổ chức thuộc Tổng cục theo quy định của pháp luật và phân cấp của Bộ trưởng Bộ Công Thương.
Cũng theo dự thảo này, Bộ trưởng Bộ Công Thương quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị thuộc Tổng cục Quản lý thị trường. Cùng đó, tổ chức quản lý thị trường ở Trung ương gồm 7 đơn vị: Văn phòng Tổng cục; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Kế hoạch - Tài chính; Vụ Chính sách - Pháp chế; Vụ Thanh tra - Kiểm tra; Cục Nghiệp vụ quản lý thị trường và tổ chức sự nghiệp Tạp chí Quản lý thị trường.
Các tổ chức quản lý thị trường ở địa phương gồm: Cục Quản lý thị trường cấp tỉnh trực thuộc Tổng cục Quản lý thị trường và Đội Quản lý thị trường cấp huyện trực thuộc Cục Quản lý thị trường cấp tỉnh.
Cục Quản lý thị trường tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương được tổ chức không quá 3 phòng. Các Đội Quản lý thị trường cấp huyện gồm: Đội Quản lý thị trường huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố thuộc thành phố trực thuộc trung ương; Đội Quản lý thị trường liên huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh, thành phố thuộc thành phố trực thuộc trung ương; Đội Quản lý thị trường chuyên ngành; Đội Quản lý thị trường cơ động. Đội Quản lý thị trường cấp huyện không tổ chức phòng.
