Theo Quyết định, Phó Thủ tướng Chính phủ Hoàng Trung Hải là Trưởng Ban chỉ đạo; Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư là Phó Trưởng Ban thường trực.
Các thành viên Ban chỉ đạo gồm: Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Đào Quang Thu; Thứ trưởng Bộ Tài chính Đỗ Hoàng Anh Tuấn; Thứ trưởng Bộ Công Thương Cao Quốc Hưng; Thứ trưởng Bộ Giao thông vận tải Nguyễn Ngọc Đông; Thứ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường Chu Phạm Ngọc Hiển; Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Vũ Văn Tám; Thứ trưởng Bộ Xây dựng Phan Thị Mỹ Linh; Thứ trưởng Bộ Y tế Phạm Lê Tuấn; Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo Bùi Văn Ga; Phó Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Nguyễn Sỹ Hiệp; Chủ tịch Hội đồng vùng kinh tế trọng điểm Bắc bộ; Chủ tịch Hội đồng vùng kinh tế trọng điểm miền Trung; Chủ tịch Hội đồng vùng kinh tế trọng điểm phía Nam; Chủ tịch Hội đồng vùng kinh tế trọng điểm đồng bằng sông Cửu Long.
Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội là Chủ tịch Hội đồng vùng kinh tế trọng điểm Bắc bộ nhiệm kỳ 2015-2016. Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng là Chủ tịch Hội đồng vùng kinh tế trọng điểm miền Trung nhiệm kỳ 2015-2016; Chủ tịch UBND thành phố Hồ Chí Minh là Chủ tịch Hội đồng vùng kinh tế trọng điểm phía Nam nhiệm kỳ 2015-2016; Chủ tịch UBND thành phố Cần Thơ là Chủ tịch Hội đồng vùng kinh tế trọng điểm đồng bằng sông Cửu Long nhiệm kỳ 2015-2016.
Ban Chỉ đạo điều phối phát triển các vùng kinh tế trọng điểm là tổ chức phối hợp liên ngành giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu chỉ đạo, đôn đốc, phối hợp giải quyết các vấn đề quan trọng có tính chất liên ngành, liên vùng liên quan đến hoạt động điều phối phát triển các vùng kinh tế trọng điểm.
Ban Chỉ đạo có các nhiệm vụ nghiên cứu đề xuất với Thủ tướng Chính phủ các cơ chế, chính sách phát triển kinh tế - xã hội của các vùng kinh tế trọng điểm; các giải pháp thúc đẩy phối hợp phát triển giữa các Bộ, ngành và các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong các vùng kinh tế trọng điểm và giữa các vùng kinh tế trọng điểm với các vùng khác; giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo phối hợp trong việc tổ chức thực hiện các quy hoạch đã được phê duyệt; thực hiện các liên kết vùng trên các lĩnh vực như xây dựng kết cấu hạ tầng, môi trường, phát triển nguồn nhân lực, xúc tiến đầu tư và các hoạt động sản xuất, kinh doanh...
Hội đồng vùng là tổ chức kết nối giữa Ban Chỉ đạo với các địa phương trong vùng kinh tế trọng điểm và chỉ đạo, điều phối các liên kết trong vùng.
Hội đồng vùng có nhiệm vụ chỉ đạo và tổ chức phối hợp các địa phương trong vùng kinh tế trọng điểm thực hiện các Quy hoạch phát triển của vùng kinh tế trọng điểm ; theo dõi quá trình xây dựng, điều chỉnh quy hoạch của địa phương trong vùng...
