Phó Trưởng Ban Thường trực Ban Chỉ đạo là Bí thư Thành ủy TP Hồ Chí Minh Trần Lưu Quang. Phó Trưởng Ban Chỉ đạo là Bộ trưởng Bộ Tài chính Nguyễn Văn Thắng.
Thành viên Ban Chỉ đạo bao gồm các đồng chí: Trần Văn Sơn, Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ; Nguyễn Văn Được, Chủ tịch Ủy ban nhân dân TP Hồ Chí Minh; Nguyễn Mạnh Hùng, Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ; Nguyễn Đức Tâm, Thứ trưởng Bộ Tài chính; Trương Hải Long, Thứ trưởng Bộ Nội vụ; Nguyễn Thanh Tú, Thứ trưởng Bộ Tư pháp; Bùi Xuân Dũng, Thứ trưởng Bộ Xây dựng; Lê Công Thành, Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường; Phan Thị Thắng, Thứ trưởng Bộ Công Thương.
Ban Chỉ đạo là tổ chức phối hợp liên ngành giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành trong quá trình tổ chức thực hiện Nghị quyết số 98/2023/QH15 ngày 24/6/2023 của Quốc hội về thí điểm một số cơ chế, chính sách đặc thù phát triển TP Hồ Chí Minh và Nghị quyết số 260/2025/QH15 ngày 11/12/2025 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị quyết số 98/2023/QH15.
Theo Quyết định, Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các bộ, cơ quan có liên quan tổ chức thực hiện Nghị quyết số 98 và Nghị quyết số 260; nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành về triển khai Nghị quyết số 98 và Nghị quyết số 260.
Chỉ đạo, phối hợp giữa các bộ, cơ quan, tổ chức có liên quan trong việc giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành về triển khai Nghị quyết số 98 và Nghị quyết số 260; chỉ đạo các bộ, cơ quan, tổ chức có liên quan thực hiện Quy chế tổ chức và hoạt động của Ban Chỉ đạo, Kế hoạch triển khai thực hiện Nghị quyết số 98 và Nghị quyết số 260, các nhiệm vụ khác có liên quan tại Nghị quyết số 98 và Nghị quyết số 260 theo chức năng, nhiệm vụ được giao; phối hợp chặt chẽ, có hiệu quả trong tham mưu, đề xuất các giải pháp thực hiện Nghị quyết số 98 và Nghị quyết số 260; kịp thời báo cáo những khó khăn, vướng mắc vượt thẩm quyền và đề xuất các giải pháp trình cấp có thẩm quyền xem xét, xử lý các bất cập phát sinh trong thực tiễn (nếu có).
Thực hiện các nhiệm vụ cụ thể khác do Thủ tướng Chính phủ giao liên quan đến việc triển khai thực hiện Nghị quyết số 98 và Nghị quyết số 260.
