Theo Nghị định, khoáng sản tại khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia phải được bảo vệ nghiêm ngặt theo quy định của Luật Khoáng sản, Nghị định của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Khoáng sản và Nghị định này.
Trong quá trình thực hiện dự án đầu tư tại các khu vực đã khoanh định là khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia, chủ đầu tư dự án có trách nhiệm: bảo vệ khoáng sản trong phạm vi khu vực triển khai dự án theo quy định; nghiêm cấm lợi dụng việc thực hiện dự án đầu tư, xây dựng công trình để khai thác khoáng sản nằm trong khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia.
Trường hợp vi phạm quy định nêu trên, ngoài việc bị xử phạt theo quy định của pháp luật về xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực khoáng sản, tùy thuộc vào tính chất, mức độ vi phạm và khối lượng khoáng sản bị khai thác trái phép, chủ đầu tư dự án còn bị đình chỉ có thời hạn việc thực hiện dự án đầu tư hoặc bị thu hồi quyết định chủ trương đầu tư theo quy định của pháp luật có liên quan.
Nghị định cũng nêu rõ việc không thực hiện dự án đầu tư sau đây tại khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia: Các dự án đầu tư có mục đích sử dụng đất lâu dài, trừ các công trình hạ tầng kỹ thuật phục vụ lợi ích quốc gia, công cộng; các công trình xây dựng thuộc cấp công trình đặc biệt, cấp I theo quy định pháp luật về xây dựng, trừ dự án quan trọng quốc gia thuộc thẩm quyền chấp thuận chủ trương đầu tư của Quốc hội, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ.
Tổ chức, cá nhân khi lập hồ sơ đề nghị chấp thuận chủ trương đầu tư dự án tại khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia phải có đánh giá tác động, mức độ ảnh hưởng đến tài nguyên, trữ lượng, chất lượng khoáng sản đã được khoanh định là khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia thuộc phạm vi dự án; phải có giải pháp bảo vệ loại khoáng sản thuộc đối tượng dự trữ nêu trong báo cáo nghiên cứu tiền khả thi hoặc báo cáo đề xuất chấp thuận chủ trương đầu tư dự án.
Về bồi thường thiệt hại khi thu hồi dự án đầu tư, Nghị định nêu rõ, trường hợp Thủ tướng Chính phủ giảm diện tích khu vực dự trữ, giảm thời gian dự trữ khoáng sản quốc gia để phục vụ cho mục đích quốc phòng, an ninh hoặc dự án quan trọng quốc gia mà ảnh hưởng trực tiếp đến dự án đầu tư thì chủ đầu tư tại khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia được bồi thường, hỗ trợ theo quy định của pháp luật về đất đai, pháp luật khác có liên quan.
Nhà nước không chịu trách nhiệm đền bù cho chủ đầu tư dự án đầu tư tại khu vực dự trữ khoáng sản quốc gia khi đã hết thời gian dự trữ khoáng sản theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ.
