Trong thời gian giữ cương vị Ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng Bộ Công Thương giai đoạn 2010 - 2017, bà Hồ Thị Kim Thoa đã có những vi phạm, khuyết điểm liên quan đến Dự án khu đất 2-4-6 Hai Bà Trưng, phường Bến Nghé, Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh trong vụ án "Vi phạm các quy định về quản lý đất đai" và "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí" đã được Cơ quan Cảnh sát điều tra, Bộ Công an ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự và có kết luận điều tra đề nghị truy tố.
Sau khi có quyết định nghỉ hưu, bà Hồ Thị Kim Thoa bỏ sinh hoạt Đảng và đã xuất cảnh ra nước ngoài.
Vi phạm của bà Hồ Thị Kim Thoa là rất nghiêm trọng, gây hậu quả rất nghiêm trọng, ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng, của Bộ Công Thương. Căn cứ Quy định số 102-QĐ/TW, ngày 15/11/2017 của Bộ Chính trị về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm, Ban Bí thư quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức khai trừ ra khỏi Đảng đối với bà Hồ Thị Kim Thoa.
