Theo các nhân chứng người Palestine tại khu vực, binh lính Israel đã rút quân vào sáng sớm 1/4 (giờ địa phương), để lại một vùng tàn phá rộng lớn với một số tòa nhà đã bị thiêu rụi. Hàng trăm người đã quay trở lại bệnh viện và khu vực xung quanh, nơi họ tìm thấy các thi thể phía bên trong và bên ngoài bệnh viện.
Một nhân chứng cho biết vẫn còn bệnh nhân, nhân viên y tế và người dân đang phải trú ẩn bên trong cơ sở y tế này. Một số bệnh nhân đã được đưa đến bệnh viện Ahli gần đó.
Về phần mình, Israel cho biết việc truy quét các tay súng Hamas tại khu vực bệnh viện Al Shifa là nhằm "ngăn ngừa tổn hại cho dân thường, bệnh nhân và đội ngũ y tế". Phía Israel cho biết hàng chục thành viên của phong trào Hồi giáo Hamas và các tay súng đã bị thiệt mạng. Binh lính Israel cũng như thu giữ nhiều vũ khí và tài liệu có giá trị của Hamas.
Trước đó, Tổ chức Y tế thế giới (WHO) cho biết quân đội Israel cũng đã thực hiện cuộc tấn công khác vào bệnh viện Al-Aqsa ở Dải Gaza ngày 31/3, khiến 4 người thiệt mạng và 17 người bị thương.
Theo thống kê của Cơ quan y tế Gaza, kể từ khi cuộc xung đột bắt đầu, đã có trên 32.000 người thiệt mạng và ít nhất 74.000 người khác bị thương, trong đó phụ nữ và trẻ em chiếm 2/3 số người thiệt mạng. Chiến tranh cũng đã khiến phần lớn dân số trên lãnh thổ phải di dời và đẩy 1/3 cư dân đến bờ vực nạn đói. Khu vực phía Bắc Gaza, nơi có bệnh viện Al Shifa, đã bị tàn phá nặng nề và bị cô lập phần lớn kể từ tháng 10.
Trong diễn biến khác, cùng ngày 31/3, một phái đoàn quan chức an ninh Israel đã khởi hành đến thủ đô Cairo của Ai Cập để đàm phán nhằm đảm bảo việc thả các con tin bị giữ ở khu vực Dải Gaza như một phần của thỏa thuận ngừng bắn.
Trước đó hôm 29/3, Văn phòng Thủ tướng Israel Benjamin Netanyahu tuyên bố đã thông qua nội dung vòng đàm phán tại Doha và Cairo. Điểm vướng mắc chính giữa hai bên trong các vòng đàm phán gián tiếp trước đó là phía Hamas yêu cầu chấm dứt hoàn toàn xung đột, trong khi Israel chỉ đồng ý ngừng bắn tạm thời, đồng thời nước này cũng từ chối yêu cầu của Hamas cho phép dân thường có thể trở về nhà.
Qatar, Ai Cập và Mỹ đang nỗ lực thúc đẩy thỏa thuận trao đổi con tin và lệnh ngừng bắn ở khu vực Gaza, sau lần tạm ngừng bắn đầu tiên chỉ kéo dài một tuần vào cuối tháng 11/2023.
