Theo kết quả điều tra, năm 2016, Saigon Co.op đề xuất thương vụ mua lại chuỗi Big C Việt Nam và được UBND Thành phố Hồ Chí Minh chấp thuận chủ trương. Để triển khai, ngày 4/3/2016, bị can Diệp Dũng ký công văn kêu gọi huy động vốn cho thương vụ này. Ngày 10/3/2016, Saigon Co.op nhận được 3.000 tỷ đồng từ các cá nhân, công ty góp vốn để đặt cọc cho thương vụ mua lại Big C. Cuối tháng 5/2016, Saigon Co.op tham gia đấu giá mua lại Big C nhưng không thành công.
Đến khoảng tháng 7/2016, bị can Diệp Dũng đã chỉ đạo bị can Hồ Mỹ Hòa - Giám đốc tài chính Saigon Co.op thực hiện thủ tục lấy 1.000 tỷ đồng từ tài khoản huy động vốn để thực hiện việc hợp tác đầu tư. Ngày 19/8/2016, bị can Diệp Dũng đã không thông qua Hội đồng quản trị, ký Hợp đồng hợp tác đầu tư số 01/2016/HĐHTĐT với Công ty Đai Á số tiền 300 tỷ đồng và Hợp đồng hợp tác đầu tư số 02/2016/HÐHTÐT với Công ty Đô Thị Mới số tiền 700 tỷ đồng với lợi nhuận cố định là 7%/năm, thời hạn hợp đồng là 3 tháng và được thanh toán (gốc + lãi) một lần vào cuối kỳ hợp tác. Vào các ngày 18/11/2016, 30/01/2017, 17/8/2017, 15/11/2017, bị can Diệp Dũng và đại diện 2 công ty trên tiếp tục ký 4 phụ lục hợp đồng để gia hạn thời hạn hợp đồng, giữ nguyên mức lợi nhuận cố định là 7%/năm.
Đến tháng 3/2018, bị can Diệp Dũng đã ký thỏa thuận bổ sung ngày 24/3/2018 với 2 công ty trên để điều chỉnh tỷ lệ lợi nhuận 7%/năm thành 0%/nǎm kể từ ngày 19/8/2016.
Việc bị can Diệp Dũng tự ý sử dụng số tiền của Saigon Co.op và tự ý điều chỉnh lợi nhuận cố định như trên đã dẫn đến việc Công ty Đại Á, Công ty Đô Thị Mới không phải chuyển trả cho Saigon Co.op bất kỳ khoản tiền lợi nhuận nào, gây thiệt hại cho Saigon Co.op số tiền là hơn 115 tỷ đồng (trong đó thiệt hại về thuế là hơn 29,7 tỷ đồng).
Trong kết quả điều tra bổ sung lần này, khác với kết luận trước, Cơ quan điều tra đã thay đổi tội danh đối với Nguyễn Thành Nhân (cựu Tổng giám đốc Saigon Co.op) và Hồ Mỹ Hòa từ tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” sang tội “Lạm quyền trong khi thi hành công vụ”. Ngoài ra, Cơ quan điều tra đề nghị xem xét các tình tiết giảm nhẹ cho tất cả các bị can trong vụ án do có thái độ hợp tác trong quá trình điều tra, nhân thân tốt, có nhiều thành tích xuất sắc trong quá trình công tác trước đây,...
