Theo nội dung vụ án, năm 2016, bị can Diệp Dũng đã tự ký công văn thông báo triển khai huy động vốn 2 đợt với số tiền 10.000 tỷ đồng nhằm đặt cọc cho thương vụ mua lại chuỗi Big C Việt Nam. Đợt 1 vào tháng 3/2016, Saigon Co.op nhận được 3.000 tỷ đồng từ các cá nhân, công ty góp vốn. Cơ quan điều tra xác định, 3.000 tỷ đồng này có nguồn gốc từ Công ty bất động sản Sài Gòn Vina (1.000 tỷ đồng), Công ty cổ phần du lịch Bắc Mỹ An (800 tỷ đồng), Công ty Thùy Dương Đức Bình (750 tỷ đồng), Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Anh Anh Minh (150 tỷ đồng), Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Phước Hùng Anh (150 tỷ đồng), Công ty cổ phần đầu tư phát triển Đô Thị Mới (150 tỷ đồng). Số tiền từ 6 Công ty này dùng góp vốn là vay ngân hàng.
Ngày 19/8/2016, bị can Diệp Dũng không thông qua Hội đồng quản trị đã tự ý lấy 1.000 tỷ đồng từ tiền huy động vốn nhằm đặt cọc cho thương vụ mua lại chuỗi Big C Việt Nam rồi tự ý ký hợp đồng hợp tác đầu tư với Công ty Đại Á và Công ty cổ phần đầu tư phát triển Đô Thị Mới với số tiền 1.000 tỷ đồng trên. Theo hợp đồng hợp tác đầu tư với Công ty Đại Á, Công ty Đô Thị Mới, Saigon Co.op được nhận tỷ lệ lợi nhuận cố định 7%/năm. Sau đó bị can Diệp Dũng cũng tự ý ký thỏa thuận bổ sung điều chỉnh tỷ lệ lợi nhuận từ 7%/năm xuống còn 0%/năm.
Các sai phạm của bị can Diệp Dũng vào đồng phạm đã gây thiệt hại cho Saigon Co.op gần 115,7 tỷ đồng (trong đó thiệt hại về thuế hơn 29,7 tỷ đồng).
Ngày 5/6/2023, Viện Kiểm sát nhân dân TP Hồ Chí Minh ra Quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung 3 vấn đề liên quan đến giám định chủ sở hữu một số tài khoản ngân hàng, quy trình chuyển tiền và các hồ sơ vay ngân hàng, hồ sơ hợp tác đầu tư của 4 doanh nghiệp gồm: Công ty cổ phần du lịch Bắc Mỹ An, Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Anh Anh Minh, Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Phước Hùng Anh, Công ty cổ phần đầu tư phát triển Đô Thị Mới.
Nêu quan điểm tại Kết luận điều tra bổ sung, Cơ quan An ninh điều tra cho biết, các công ty trên chưa cung cấp được vì lý do thời gian ký kết các hợp đồng đã lâu. Tuy nhiên căn cứ vào các tài liệu từ phía ngân hàng thì có căn cứ xác định nguồn gốc số tiền góp vốn vào Saigon Co.op của các công ty này là vốn vay ngân hàng. Việc chưa cung cấp được các hợp đồng liên quan không ảnh hưởng đến quá trình giải quyết vụ án.
Đối với những yêu cầu liên quan đến nghiệp vụ ngân hàng, Cơ quan An ninh điều tra cho biết đã gửi yêu cầu nhưng đến nay chưa nhận được trả lời từ Tổ giám định tư pháp - Ngân hàng Nhà nước và Saigon Co.op.
