Theo tờ trình của Ban Cán sự Đảng UBND TP Hồ Chí Minh, UBND TP Thủ Đức sẽ giữ nguyên mô hình tổ chức bộ máy, chức năng, nhiệm vụ của 8 cơ quan chuyên môn thuộc tổ chức hành chính gồm: Văn phòng, Phòng Nội vụ, Phòng Tư pháp, Thanh tra, Phòng Lao động - Thương binh và Xã hội, Phòng Giáo dục và Đào tạo, Phòng Y tế, Phòng Tài nguyên và Môi trường.
UBND TP Thủ Đức sẽ tổ chức và đổi tên lại 5 cơ quan chuyên môn do chuyển chức năng, nhiệm vụ qua lại với nhau. Cụ thể, Phòng Tài chính - Kế hoạch có tên là Phòng Tài chính do chuyển chức năng kế hoạch và đầu tư qua Phòng Kinh tế. Phòng Kinh tế có tên là Phòng Kinh tế - Kế hoạch và Đầu tư do tiếp nhận chức năng kế hoạch và đầu tư từ Phòng Tài chính - Kế hoạch. Phòng Văn hóa - Thông tin có tên là Phòng Văn hóa - Thể thao và Du lịch do chuyển chức năng thông tin qua Phòng Khoa học Công nghệ. Phòng Khoa học Công nghệ có tên là Phòng Khoa học - Công nghệ và Thông tin do tiếp nhận chức năng thông tin từ Phòng Văn hóa - Thông tin. Phòng Quản lý đô thị có tên là Phòng Quy hoạch - Xây dựng do chuyển chức năng giao thông vận tải, quản lý hạ tầng qua Phòng Giao thông công chính, chuyển chức năng quản lý trật tự đô thị qua Thanh tra Xây dựng.
UBND TP Thủ Đức còn thành lập 3 tổ chức hành chính mới gồm: Phòng Giao thông công chính, tiếp nhận chức năng giao thông vận tải, quản lý hạ tầng từ Phòng Quản lý đô thị; Thanh tra xây dựng tiếp nhận chức năng từ Đội Thanh tra địa bàn TP Thủ Đức, trực thuộc Thanh tra Sở Xây dựng và Đội Quản lý trật tự đô thị từ Phòng Quản lý đô thị; Trung tâm Phục vụ hành chính công thực hiện chức năng tiếp nhận và trả kết quả, trực tiếp tiếp nhận và giải quyết một số thủ tục hành chính. Số lượng cấp phó của các tổ chức hành chính trực thuộc UBND TP Thủ Đức không quá 4 người.
Như vậy, UBND TP Thủ Đức sẽ có 16 phòng chuyên môn thực hiện chức năng quản lý nhà nước, nhiều hơn 6 phòng so với quy định chung của UBND cấp huyện. Với đơn vị sự nghiệp công lập, UBND TP Thủ Đức vẫn giữ nguyên mô hình tổ chức bộ máy của các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc gồm: các cơ sở giáo dục, Trường trung cấp Đông Sài Gòn, Trung tâm Giáo dục nghề nghiệp - Giáo dục thường xuyên, Trung tâm Y tế, Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng khu vực. Đồng thời, UBND TP Thủ Đức thành lập Trung tâm Phát triển quỹ đất trên cơ sở tổ chức lại Ban Bồi thường, giải phóng mặt bằng TP Thủ Đức và sáp nhập Trung tâm Văn hóa với Trung tâm Thể dục thể thao thành Trung tâm Văn hóa - Thể thao TP Thủ Đức.
UBND TP Thủ Đức cũng thí điểm thành lập 3 đơn vị sự nghiệp gồm: Phát triển hạ tầng kỹ thuật, An sinh xã hội, Xúc tiến thương mại và đầu tư như đã đưa tin trước đó. Ngoài các đơn vị sự nghiệp công lập khối giáo dục, số lượng cấp phó các đơn vị sự nghiệp công lập bình quân không quá 4 người.
