Trước đó, UBND Thành phố Hồ Chí Minh cũng đã đình chỉ công tác đối với ông Lê Tấn Hùng do có các sai phạm được Thanh tra thành phố, Kiểm toán Nhà nước và Chủ tịch UBND thành phố kết luận. Theo UBND Thành phố Hồ Chí Minh, vi phạm của ông Lê Tấn Hùng kéo dài, thiếu trách nhiệm khắc phục hậu quả, không đủ phẩm chất để tiếp tục lãnh đạo, điều hành SAGRI.
Bản Kết luận thanh tra số 38/KL-TTTP-P6 của Thanh tra Thành phố Hồ Chí Minh đã chỉ ra nhiều sai phạm tại SAGRI trong thời kỳ ông Lê Tấn Hùng lãnh đạo. Theo đó, SAGRI đã dùng gần 8 tỷ đồng để thuê mặt bằng 123 Trương Định, Quận 3 làm văn phòng làm việc của Tổng Công ty và các công ty thành viên chưa đúng với quy định.
SAGRI và các đơn vị thành viên đang quản lý và sử dụng 46 mặt bằng, nhà đất với hơn 1.900 ha; trong đó, có 11 mặt bằng, nhà đất được hợp tác kinh doanh khai thác, giữ hộ hàng hóa nhưng thực chất là cho thuê lại một phần hoặc toàn bộ diện tích.
Từ năm 2003, Nông trường Phạm Văn Cội thuộc Công ty TNHH một thành viên Bò sữa thành phố (thành viên của SAGRI) ký hợp đồng gia công trồng hoa, cây cảnh xuất khẩu với Công ty cổ phần Phong Lan với diện tích 5 ha, thời hạn hợp đồng 25 năm.
Tuy nhiên từ năm 2011, Công ty Phong Lan không thực hiện nghĩa vụ tài chính với Công ty TNHH một thành viên Bò sữa thành phố mà tự ý giao phần đất này cho Công ty cổ phần thương mại Nông lâm nghiệp Bình Minh 2 sử dụng.
SAGRI được thành phố giao quản lý nhiều quỹ đất nhưng sử dụng, khai thác không hiệu quả, dẫn đến việc thay đổi chủ đầu tư dự án, tự ý cho thuê đất sai quy định, không báo cáo Thường trực UBND Thành phố Hồ Chí Minh.
Công ty TNHH một thành viên Bò sữa thành phố được thành phố giao đất nhưng cho cán bộ, công nhân viên mượn để trồng cỏ mà không có hồ sơ pháp lý liên quan với diện tích lên tới 27 ha. Sau đó, 15 hộ nhận khoán đã tự ý sang nhượng cho 103 hộ.
Hiện nay, tổng diện tích đất của Công ty TNHH một thành viên Bò sữa thành phố đang bị các hộ dân tranh chấp, lấn chiếm hơn 212.000 m2; dẫn đến doanh nghiệp phải giải quyết tranh chấp với hộ dân ngay trên phần đất được thành phố giao quản lý.
Không chỉ buông lỏng, sai phạm trong quản lý đất công, ông Lê Tấn Hùng còn ký khống, chi khống 13 tỷ đồng cho hàng chục cán bộ, người lao động của SAGRI học tập ở nước ngoài.
