Theo cáo trạng, bị cáo Lê Phong Hải (thời điểm đó là Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn kiêm Trưởng ban Quản lý Dự án thủy lợi Bắc Bến Tre) là đại diện pháp nhân đơn vị chủ đầu tư đã thiếu trách nhiệm, làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế, gây thất thoát ngân sách 6,871 tỷ đồng.
Cụ thể, Lê Phong Hải đã lựa chọn nhà thầu thi công là Công ty trách nhiệm hữu hạn Đầu tư và Xây dựng Thành Long (trụ sở tại Thành phố Hồ Chí Minh, do ông Nguyễn Mạnh Hùng làm Tổng Giám đốc) không đủ năng lực, cho nhà thầu tạm ứng đến 50% giá trị hợp đồng trong khi chủ đầu tư chưa giao mặt bằng cho đơn vị thi công.
Ngoài ra, chứng thư bảo lãnh tiền tạm ứng hết hiệu lực nhưng chủ đầu tư không buộc nhà thầu gia hạn bảo lãnh tiền tạm ứng, dẫn đến việc nhà thầu chiếm dụng toàn bộ tiền tạm ứng, sử dụng sai mục đích số tiền tạm ứng, gây thất thoát ngân sách.
Sau khi bị khởi tố, bị cáo Lê Phong Hải đã nộp 6,871 tỷ đồng vào ngân sách nhà nước để khắc phục hậu quả.
Với những sai phạm trên, Hội đồng xét xử đã tuyên phạt bị cáo Lê Phong Hải 3 năm tù nhưng cho hưởng án treo, thời gian thử thách 5 năm về tội “cố ý làm trái quy định Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng”; đồng thời buộc nhà thầu trả lại 6,871 tỷ đồng đã chiếm dụng cho chủ đầu tư là Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Bến Tre, sau đó sẽ chuyển trả lại cho bị cáo Hải số tiền đã nộp vào ngân sách Nhà nước để khắc phục hậu quả trước đó.
Đây là sai phạm tại gói thầu số 5 và số 6 công trình nạo vét thượng nguồn sông Ba Lai thuộc Dự án thủy lợi Bắc Bến Tre được UBND tỉnh Bến Tre giao Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn làm chủ đầu tư. Công trình sử dụng vốn trái phiếu Chính phủ với tổng mức đầu tư 303,7 tỷ đồng, thực hiện từ năm 2008-2012.
