Tuy nhiên, theo Chi cục trưởng Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm Hà Nội Trần Ngọc Tụ, hiện nay việc triển khai quản lý an toàn thực phẩm trên địa bàn thành phố còn nhiều khó khăn. Bộ máy tổ chức, cán bộ làm công tác an toàn thực phẩm thiếu và yếu.
Bên cạnh đó, việc ký cam kết an toàn thực phẩm đối với các cở sở sản xuất kinh doanh thực phẩm nhỏ lẻ không có giấy phép kinh doanh tuyến xã quản lý gặp nhiều khó khăn, đa số chưa đáp ứng được các tiêu chí an toàn thực phẩm về môi trường, nguồn gốc thực phẩm, trang thiết bị dụng cụ, yếu tố con người…
Đặc biệt, trong khi một bộ phận chủ cơ sở thực phẩm còn chưa có ý thức về sức khỏe cộng đồng, chạy theo lợi ích trước mắt thì không ít người tiêu dùng lại dễ dãi trong lựa chọn thực phẩm.
Ngoài ra, hoạt động giết mổ gia súc, gia cầm nhỏ lẻ, không đảm bảo an toàn thực phẩm. Việc tăng sử dụng hóa chất trong sản xuất thực phẩm, khó khăn trong kiểm soát an toàn thực phẩm với thực phẩm nhập khẩu… cũng đang là vấn đề nhức nhối làm “đau đầu” các cơ quan quản lý.
