Trước đó, đại diện Ban Quản lý Di tích Danh thắng thuộc Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội cùng Hội đồng đánh giá di tích bao gồm các phòng chuyên môn thuộc huyện Thường Tín: Phòng Văn hóa và Thông Tin, Tài chính kế hoạch, Quản lý đô thị, Ủy ban nhân dân xã Nguyễn Trãi, đại diện thôn Gia Phúc, trụ trì chùa Đậu, đã thực hiện việc đánh giá cấu kiện sau hạ giải hạng mục hữu mạc di tích chùa Đậu. Công tác kiểm tra cho thấy, khu sân vườn bên phải đường vào chùa đã làm đường vào di tích và có biển chỉ dẫn khu vực bãi để xe; đường vào phía trước hạng mục Tam quan gác chuông phía trước Tam bảo đã bị quây tôn bịt kín lối đi cũ, khu vực phía trước chùa. Đặc biệt, vị trí lối đi phía sau bên trái khu vực nhà Tổ có xây dựng thêm một hạng mục cổng quy mô khá lớn. Khu vực phía sau hành lang gần với am thờ bên trái Tam bảo có xây một công trình, kết cấu cột tôn cuốn tròn, vì kèo sắt, mái lợp ngói tây. Việc làm này có dấu hiệu vi phạm quy định của Luật Di sản văn hóa cũng như các quy định hiện hành của pháp luật và thành phố Hà Nội.
Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội đề nghị UBND huyện Thường Tín chỉ đạo các phòng, ban liên quan, UBND xã Nguyễn Trãi khẩn trương rà soát, kiểm tra công tác quản lý nhà nước về di tích lịch sử văn hóa, báo cáo Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội trước ngày 15/4 để Sở tổng hợp báo cáo UBND thành phố và Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch theo quy định.
Di tích chùa Đậu thuộc thôn Gia Phúc, xã Nguyễn Trãi, huyện Thường Tín đã xếp hạng Di tích cấp Quốc gia tại Quyết định số 29-VH/QĐ ngày 13/1/1964 của Bộ Văn hóa (nay là Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch) hiện do UBND huyện Thường Tín quản lý trực tiếp theo phân cấp của UBND thành phố Hà Nội.
