Theo kết luận điều tra của Cơ quan An ninh Điều tra - Công an tỉnh Sơn La và kết quả chấm thẩm định, có 44 thí sinh với 95 bài thi trắc nghiệm và 2 bài thi Ngữ văn có điểm chấm thẩm định thấp hơn so với điểm thi đã công bố trước đây. Trong đó, thí sinh có điểm thi sau thẩm định giảm nhiều nhất là 26,55 điểm (tổng 3 môn). Bài thi có điểm giảm nhiều nhất là môn Toán với 9 điểm.
Theo quy định của Quy chế thi THPT Quốc gia và xét công nhận tốt nghiệp THPT áp dụng cho năm 2018, kết quả chấm thẩm định này là kết quả chính thức của Kỳ thi THPTQG 2018. Như vậy, điểm chấm thẩm định sẽ được sử dụng thay thế kết quả do các Hội đồng thi THPT Quốc gia năm 2018 công bố trước đây để xét công nhận tốt nghiệp THPT và tuyển sinh ĐH, CĐ năm 2018.
Sở GD&ĐT Sơn La sẽ cập nhật kết quả thi của các thí sinh, xét công nhận tốt nghiệp THPT và thông báo kết quả cho các thí sinh liên quan. Thông tin về kết quả thi cũng sẽ được cung cấp tới Cục Nhà trường (Bộ Quốc phòng), Cục Đào tạo (Bộ Công an), các đại học, học viện, trường đại học và các trường cao đẳng, trung cấp có nhóm ngành đào tạo giáo viên để cập nhật, rà soát kết quả xét tuyển sinh ĐH, CĐ năm 2018 đối với các thí sinh có liên quan.
Các đại học, học viện và các trường cao đẳng, trung cấp có nhóm ngành đào tạo giáo viên liên hệ chặt chẽ với Sở GD&ĐT Sơn La để được cung cấp các thông tin liên quan; căn cứ thông tin được cung cấp để rà soát kết quả xét tuyển sinh ĐH, CĐ năm 2018 của trường mình. Cục Nhà trường (Bộ Quốc phòng), Cục Đào tạo (Bộ Công an) chỉ đạo, hỗ trợ các cơ sở giáo dục đại học thuộc phạm vi quản lý thực hiện nội dung này.
Theo thông tin từ cơ quan điều tra, sai phạm tại Hội đồng thi THPT Quốc gia năm 2018 của các tỉnh Sơn La, Hòa Bình vẫn còn tiếp tục được các cơ quan chức năng xác minh, hoàn thiện hồ sơ để xử lý nghiêm theo quy định của Quy chế và pháp luật.
Trong kỳ thi THPT Quốc gia năm 2018, tại Hội đồng thi Sở GD&ĐT Sơn La đã xảy ra các sai phạm nghiêm trọng dẫn đến sai lệch điểm thi của một số thí sinh.
Ngay trong tháng 7/2018, sau khi công bố kết quả thi, nghi vấn về điểm thi THPT Quốc gia 2018 bất thường ở Sơn La xuất hiện. Theo đó, tỉnh miền núi Sơn La có điểm trung bình tất cả môn thi THPT Quốc gia là 4,21, thấp nhất cả nước. Tuy nhiên, tỷ lệ thí sinh Sơn La đạt điểm từ 9 trở lên với môn Toán và Vật lý vượt xa một số địa phương có truyền thống học tốt các môn tự nhiên. Riêng môn Toán, Sơn La có 30 em đạt điểm từ 9 trở lên, chiếm gần 0,3%.
Bộ GD&ĐT đã thành lập các Tổ Công tác của Ban Chỉ đạo thi THPT Quốc gia và tuyển sinh đại học hệ chính quy, tuyển sinh cao đẳng, trung cấp nhóm ngành đào tạo giáo viên hệ chính quy năm 2018 chỉ đạo việc kiểm tra, xác minh dấu hiệu bất thường về kết quả thi tại Hội đồng thi THPT tỉnh Sơn La. Tổ Công tác đã phát hiện các dấu hiệu sai phạm làm sai lệch kết quả thi của một số thí sinh tại Hội đồng thi này.
Bộ GD&ĐT đã có công văn gửi Bộ Công an đề nghị xác minh, làm rõ những sai phạm để xử lý theo quy định của pháp luật và Quy chế thi.
Kết quả điều tra bước đầu đã làm lộ diện một đường dây "chạy điểm" hoạt động tinh vi. Ngày 26/7/2018, Bộ Công an đã chỉ đạo Cơ quan An ninh Điều tra - Công an tỉnh Sơn La xác minh để lập hồ sơ khởi tố vụ án hình sự “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”. Cơ quan An ninh Điều tra – Công an tỉnh Sơn La đã xác định được những bài thi có sửa chữa trên Phiếu trả lời trắc nghiệm (bài làm của thí sinh) không do thí sinh thực hiện. 6 cán bộ ngành GD&ĐT Sơn La bị Công an tỉnh Sơn La khởi tố bị can sau đó.