Ông được biết đến nhờ công trình mang tính bước ngoặt, được đánh giá là góp phần làm thay đổi lĩnh vực nghiên cứu về nguồn gốc loài người sau khi phát triển các cách tiếp cận mới cho phép kiểm tra chuỗi ADN từ những mẫu vật khảo cổ.
Dựa trên những phát hiện của mình, nhà di truyền học Svante Pääbo đã thiết lập một bộ môn khoa học hoàn toàn mới có tên gọi là Paleogenomics- tái tạo và phân tích thông tin bộ gene của các loài đã tuyệt chủng. Bằng cách chỉ ra những điểm khác nhau về di truyền học để phân biệt giữa loài người hiện nay và những loài vượn người đã tuyệt chủng, những phát hiện của ông đã cung cấp nền tảng cơ bản để khám phá những yếu tố giúp loài người trở nên khác biệt như ngày nay.
