Theo thiết kế, nhà ga Ba Son có chiều dài 240m, chiều rộng trung bình khoảng 35m; hai tầng hầm có độ sâu khoảng 20m âm dưới lòng đất và gồm 2 tầng B1, B2.
Tầng 1 của ga Ba Son gồm các trang thiết bị phục vụ hành khách (sảnh đợi, máy bán vé, cổng thu phí tự động…), phòng hướng dẫn thông tin cho hành khách. Tầng 2 là sân ga, nơi có tàu dừng, đỗ để đón và trả khách. Nhà ga có 5 lối lên và xuống để hành khách tiếp cận với đoàn tàu.
