Theo đó, các bị cáo: Nguyễn Xuân Diệu, nguyên Phó Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc tế Hà Tiên, lĩnh án cao nhất với 3 năm tù giam; Phạm Quốc Thuấn, nguyên Phó Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc gia Giang Thành 2 năm tù giam; Nguyễn Văn Bảo, nguyên Phó Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc tế Hà Tiên, 15 tháng tù giam; Đinh Xuân Thảo, công chức Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc tế Hà Tiên 20 tháng tù giam; Phù Thụ Minh, công chức Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc gia Giang Thành 15 tháng tù giam.
18 bị cáo còn lại gồm: Văn Công Hoàng (nguyên Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc tế Hà Tiên), Nguyễn Minh Chiến (nguyên Phó Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc tế Hà Tiên), Huỳnh Mạnh Trí (nguyên Phó Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc tế Hà Tiên), Nguyễn Thanh Truyền, Bùi Văn Mạnh, Phùng Việt Hùng, Trần Văn Thuận, Lê Văn Sánh, Đặng Việt Đức, Trần Lợi Tài, Trần Văn Vũ, Lê Hoàng Thảo, Nguyễn Thành Huy, Lê Duy Khánh, Trần Quốc Trung, Trương Công Bằng, Phạm Thành Nguyên và Phan Quốc Cường đều là công chức tại hai chi cục nói trên nhận mức án từ 9 - 30 tháng tù nhưng cho hưởng án treo.
Đây là vụ án thu hút sự quan tâm từ dư luận, với số cán bộ hải quan hầu tòa qua 2 đợt xét xử lên đến 33 người. Ngoài ra, vụ án cũng đã tạm hoãn nhiều lần với các lý do khác nhau. Hầu hết các bị cáo này đều được tại ngoại.
23 cán bộ hải quan là bị cáo trong vụ án liên quan đến vụ án chiếm đoạt nhiều tỷ đồng tiền hoàn thuế do Trần Hữu Thọ (sinh năm 1968, trú xã Vĩnh Điều, huyện Giang Thành, chủ Doanh nghiệp tư nhân Hữu Thành Vinh, Khánh Lý, Tường Ngọc Vy), Huỳnh Văn Trong (sinh năm 1957, trú phường Mỹ Đức, thành phố Hà Tiên, Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn một thành viên thương mại Huỳnh Trang) và một số đối tượng khác thực hiện từ năm 2010 đến tháng 7/2013.
Cụ thể, với trách nhiệm, quyền hạn là Chi cục trưởng, Chi cục phó Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc tế Hà Tiên và Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc gia Giang Thành, Văn Công Hoàng, Nguyễn Văn Diệu, Nguyễn Văn Bảo, Nguyễn Minh Chiến, Huỳnh Mạnh Trí, Phạm Quốc Thuấn chịu trách nhiệm toàn bộ hoạt động của Chi cục Hải quan hoặc khi được Chi cục trưởng Hải quan phân công.
Hoàng, Diệu, Bảo, Chiến, Trí và Thuấn không thực hiện hết trách nhiệm được giao phụ trách công tác kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu qua cửa khẩu đường bộ; chỉ đạo, quản lý chưa chặt chẽ và không kiểm tra thường xuyên, sâu sát quy trình nghiệp vụ hải quan, dẫn đến các công chức hải quan không làm và làm không đúng nhiệm vụ được giao kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất khẩu, tiền nhập khẩu, tạo sơ hở cho Trần Hữu Thọ và Huỳnh Văn Trong chiếm đoạt tiền hoàn thuế của Nhà nước.
Cụ thể, Thuấn thiếu trách nhiệm gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng với tổng số tiền trên 74,4 tỷ đồng; Hoàng hơn 17 tỷ đồng, Diệu hơn 20,5 tỷ đồng, Bảo gần 15 tỷ đồng. Chiến và Trí lần lượt là hơn 652,7 triệu đồng và 652 triệu đồng.
Đối với các bị cáo: Đinh Xuân Thảo, Phù Thụ Minh, Nguyễn Thanh Truyền, Bùi Văn Mạnh, Phùng Việt Hùng, Trần Văn Thuận, Lê Văn Sánh, Đặng Việt Đức, Trần Lợi Tài, Trần Văn Vũ, Lê Hoàng Thảo, Nguyễn Thành Huy, Lê Duy Khánh, Trần Quốc Trung, Trương Công Bằng, Phạm Thành Nguyên và Phan Quốc Cường chủ quan trong quá trình thực hiện nhiệm vụ được phân công; không thực hiện hết nhiệm vụ được giao kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu; không áp dụng công tác quản lý rủi ro để phát hiện các dấu hiệu bất thường, nghi vấn về số lượng, trọng lượng, chủng loại hàng hoá chở trên xe thực xuất và người khai hải quan có phù hợp với lời khai hải quan không; không theo dõi, ghi chép quá trình giám sát hàng hoá, phương tiện xuất, nhập cảnh.
Từ hành vi thiếu trách nhiệm của các bị cáo đã tạo sơ hở cho Trần Hữu Thọ và Huỳnh Văn Trong lợi dụng xuất khẩu khống hàng hoá, tiền nhập khẩu để làm hồ sơ khống chiếm đoạt tiền hoàn thuế của nhà nước. Cụ thể, Xuân Thảo thiếu trách nhiệm gây hậu quả đặc biệt nghiêm trọng với tổng số tiền hơn 24,1 tỷ đồng; Minh hơn 15,2 tỷ đồng, Truyền gần 8 tỷ đồng, Mạnh hơn 6,6 tỷ đồng, Hùng hơn 6,1 tỷ đồng, Thuận hơn 5,3 tỷ đồng, Sánh hơn 5 tỷ đồng, Đức hơn 4,4 tỷ đồng, Tài hơn 2,7 tỷ đồng, Vũ hơn 2,7 tỷ đồng, Hoàng Thảo hơn 2,3 tỷ đồng, Huy hơn 1,8 tỷ đồng, Khánh hơn 1,6 tỷ đồng, Trung hơn 1,2 tỷ đồng, Bằng trên 900 triệu đồng, Nguyên hơn 453 triệu đồng, Cường gần 320 triệu đồng.
Liên quan đến vụ án, trước đó, năm 2015, Trần Hữu Thọ, Huỳnh Văn Trong và một số đối tượng khác đã bị xét xử, mức án cao nhất là tù chung thân dành cho Trần Hữu Thọ và Huỳnh Văn Trong là 18 năm tù giam về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”. Theo cáo trạng, từ năm 2010 đến tháng 7/2013, Thọ, Trong và các đồng phạm thành lập nhiều doanh nghiệp, công ty để mua bán hóa đơn khống với nhau, sau đó xuất hóa đơn bán hàng tạp hóa khống qua Campuchia, lập hồ sơ xin hoàn thuế giá trị gia tăng để chiếm đoạt gần 110 tỷ đồng tiền hoàn thuế của Nhà nước.
Tiến hành điều tra mở rộng vụ án, Cơ quan điều tra xác định Thọ và Trong thực hiện việc thông quan khống số lượng hàng hóa và tiền để làm thủ tục chiếm đoạt tiền hoàn thuế của Nhà nước là do sự thiếu trách nhiệm của các công chức Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc tế Hà Tiên và Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc gia Giang Thành.
Cũng liên quan đến vụ án này, 16/6/2016, 10 bị cáo nguyên là lãnh đạo, công chức hải quan của Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc tế Hà Tiên và Chi cục Hải quan cửa khẩu quốc gia Giang Thành cũng đã bị Tòa án nhân dân tỉnh Kiên Giang xét xử tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng” theo khoản 2, Điều 285 Bộ Luật Hình sự và bị tuyên phạt các mức án từ 2 năm đến 4 năm 6 tháng tù giam.
