5 đoạn tuyến cụ thể bao gồm: Mai Sơn - Quốc lộ 45, Quốc lộ 45 - Nghi Sơn, Nghi Sơn - Diễn Châu, Vĩnh Hảo - Phan Thiết và Phan Thiết - Dầu Giây. Việc thu phí được thực hiện theo quy định của pháp luật về thu phí sử dụng đường bộ cao tốc đối với phương tiện lưu thông trên tuyến đường bộ cao tốc thuộc sở hữu toàn dân do Nhà nước đại diện chủ sở hữu và trực tiếp quản lý, khai thác.
Về mức phí áp dụng, đơn giá cho đoạn Phan Thiết - Dầu Giây dao động từ 1.300 - 1.950 - 2.600 - 3.250 - 5.200 (đồng/km). Đối với 4 đoạn tuyến còn lại là Mai Sơn - Quốc lộ 45, Quốc lộ 45 - Nghi Sơn, Nghi Sơn - Diễn Châu và Vĩnh Hảo - Phan Thiết mức phí dao động từ 900 - 1.350 - 1.800 - 2.250 - 3.600 (đồng/km). Để phục vụ người dân và doanh nghiệp tra cứu thông tin chi tiết, biểu phí cho từng loại phương tiện đã được Cục Đường bộ Việt Nam đăng tải công khai trên cổng thông tin điện tử chính thức của đơn vị.
Hệ thống thu phí sẽ vận hành hoàn toàn theo phương thức điện tử không dừng (ETC) với đầu vào đa làn tự do không có barrier và đầu ra đơn làn có barrier. Các trạm sẽ không duy trì làn thu phí hỗn hợp hay thu phí thủ công (MTC).
Việc tổ chức thu phí sử dụng đường cao tốc do Nhà nước đại diện chủ sở hữu và trực tiếp quản lý, khai thác được kết nối liên thông đồng bộ với các đoạn tuyến cao tốc do các đơn vị khác: VEC, Nhà đầu tư, Doanh nghiệp BOT đang khai thác thu phí nên trong giai đoạn đầu vận hành sẽ thực hiện công tác đánh giá chỉ số KPI của toàn bộ hệ thống để kiểm tra và khắc phục các lỗi kỹ thuật phát sinh. Cục Đường bộ Việt Nam đã thành lập Tổ công tác ứng trực 24/7 để xử lý các tình huống phát sinh nếu có.
Để quá trình lưu thông được an toàn và thông suốt, Cục Đường bộ Việt Nam đề nghị các tài xế cần đảm bảo phương tiện đã được dán thẻ đầu cuối và tài khoản thanh toán có đủ số dư khi lưu thông qua các tuyến cao tốc nêu trên. Người điều khiển phương tiện phải tuân thủ nghiêm ngặt hệ thống biển báo hiệu và sự hướng dẫn của lực lượng chức năng tại trạm. Hệ thống cân xe tự động đã được lắp đặt ngay tại các lối vào cao tốc, các phương tiện quá tải sẽ bị hệ thống nhận diện cảnh báo và từ chối quyền đi vào cao tốc nhằm bảo vệ tuyệt đối kết cấu hạ tầng giao thông.
