Theo Quyết định, Bộ Công Thương là cơ quan đầu mối triển khai thực hiện Chương 1 - Các mục tiêu và định nghĩa chung; Chương 3 - Phòng vệ Thương mại; Chương 7 - Các rào cản phi thuế quan đối với Thương mại và Đầu tư trong sản xuất năng lượng tái tạo; Chương 10 - Chính sách cạnh tranh; Chương 11 - Doanh nghiệp thuộc sở hữu nhà nước, doanh nghiệp được cấp đặc quyền hoặc ưu đãi đặc biệt và doanh nghiệp độc quyền chỉ định; Chương 17 - Các điều khoản về thể chế, các điều khoản chung và các điều khoản cuối cùng.
Cơ quan đầu mối triển khai Chương 2 - Đối xử quốc gia và mở cửa thị trường đối với hàng hóa gồm: Bộ Công Thương (đối với các quy định chung và quản lý xuất nhập khẩu); Bộ Tài chính (đối với các nội dung về thuế quan); Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (đối với các nội dung liên quan đến nông sản).
Bộ Tài chính (Tổng cục hải quan) là cơ quan đầu mối triển khai thực hiện Chương 4 - Hải quan và thuận lợi hóa thương mại.
Đầu mối triển khai thực hiện Chương 6 - Các biện pháp an toàn thực phẩm và kiểm dịch động thực vật là Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (Văn phòng SPS Việt Nam).
Cơ quan đầu mối triển khai thực hiện Chương 8 - Tự do hóa Đầu tư, Thương mại dịch vụ và Thương mại điện tử gồm: Bộ Công Thương (đối với các nội dung Thương mại dịch vụ và Thương mại điện tử liên quan đến các nội dung về thương mại); Bộ Thông tin và Truyền thông (đối với các nội dung Thương mại điện tử liên quan đến các nội dung về dữ liệu, viễn thông, lưu chuyển thông tin); Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội (đối với các nội dung về hiện diện tạm thời của thể nhân vì mục đích kinh doanh); Bộ Kế hoạch và Đầu tư (đối với nội dung về tự do hóa đầu tư).
Trong quá trình triển khai thực thi Hiệp định, trường hợp cần điều chỉnh để phù hợp với tình hình thực tế, Bộ Công Thương chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.
