Theo đó, danh sách chỉ định các cơ quan đầu mối để thực hiện các Chương của Hiệp định EVFTA gồm: Bộ Công Thương chủ trì: Chương 1 - Các mục tiêu và định hướng chung; Chương 3- Phòng vệ Thương mại; Chương 7- Các rào cản phi thuế quan đối với Thương mại và Đầu tư trong sản xuất năng lượng tái tạo; Chương 10 - Chính sách cạnh tranh.
Với Chương 2 - Đối xử quốc gia và mở cửa thị trường đối với hàng hóa, cơ quan chủ trì gồm: Bộ Công Thương (đối với các quy định chung và quản lý xuất, nhập khẩu); Bộ Tài chính (đối với các nội dung về thuế quan); Bộ Nông nghiệp và Phát triển triển nông thôn (đối với các nội dung liên quan đến nông sản).
Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) chủ trì Chương 4 - Hải quan và thuận lợi hóa thương mại; Bộ Khoa học và Công nghệ chủ trì Chương 5- Hàng rào kỹ thuật đối với thương mại; Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chủ trì Chương 6 - Các biện pháp an toàn thực phẩm và kiểm dịch động thực vật.
Về danh sách chỉ định các cơ quan đầu mối để tiếp nhận, trao đổi thông tin và đầu mối liên lạc, Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) giải đáp thông tin liên quan đến Hải quan và thuận lợi hóa thương mại. Bộ Khoa học và Công nghệ (Văn phòng TBT Việt Nam) làm đầu mối trao đổi thông tin về các vấn đề rào cản kỹ thuật thương mại. Với Chương 12, đầu mối liên lạc về sở hữu trí tuệ, cơ quan chủ trì gồm: Bộ Khoa học và Công nghệ (đối với nội dung liên quan tới sở hữu công nghiệp); Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch (đối với các nội dung liên quan đến quyền tác giả và quyền liên quan); Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (đối với nội dung liên quan tới giống cây trồng)...
