Trước đó, khoảng 7 giờ 45 phút ngày 9/10, tại vùng biển cách phía Đông Nam Côn Đảo khoảng 100 hải lý, lực lượng chức năng của Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 3 phát hiện tàu vỏ gỗ số hiệu BT99887TS có dấu hiệu nghi vấn nên tiến hành kiểm tra.
Tại thời điểm kiểm tra, tàu BT 99887 TS có 5 thuyền viên do ông Đặng Hữu Hiền (sinh năm 1967, hộ khẩu thường trú tại xã Bình Thắng, huyện Bình Đại, tỉnh Bến Tre) làm thuyền trưởng. Tàu đang vận chuyển khoảng 46.000 lít dầu DO nhưng thuyền trưởng không xuất trình được giấy tờ liên quan chứng minh nguồn gốc của hàng hóa. Các thuyền viên không có bằng cấp, chứng chỉ chuyên môn và giấy tờ tùy thân.
Theo lời khai ban đầu của thuyền trưởng Đặng Hữu Hiền, số dầu đang vận chuyển trên tàu được mua trôi nổi trên biển từ một tàu không rõ số hiệu; khi đang trên đường vận chuyển để tiêu thụ đã bị kiểm tra, tạm giữ.
Lực lượng chức năng Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát Biển 3 đã lập biên bản vi phạm hành chính, đưa tàu về Vũng Tàu tiếp tục điều tra xử lý theo quy định pháp luật.
